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通哥点评
clustalW是一款经典的多序列比对工具，在高通量测序开始之前已经被广泛使用了，具有非常高的引用率。可以进行多个同源基因的多序列比对，比对完成之后可以用于构建分子数。在高通量测序时代，ClustalW依然具有重要的作用。是一款需要掌握的生物信息工具。
一、功能分类：
多序列比对
二、软件官网：
http://www.clustal.org/clustal2/
三、软件介绍:
Clustal 系列软件广泛用于分子生物学的研究中。涉及的核酸、蛋白质的全局多序列比对，为进一步构建分子进化树等进化分析提供了基础。最初的版本名命名为Clustal，后来有了ClustalＶ，以及Clustal W和Clustal XClustalX相比ClustalW只是单存增加了图形化界面，最新的Clustal家族是Clustal Omega，在mega等软件中也集成了clustalw的比对。
四、下载安装：
wget http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
tar -zxvf clustalw-2.1.tar.gz
cd clustalw-2.1
configure
make
makeinstall
五、软件使用：
ClustalW 提供了两种操作方式：
1、键盘交互的菜单界面
2、命令行方式
由于命令行模式参数比较长，看起来也比较复杂，
我们主要介绍键盘交互的菜单界面运行方式。
运行culstal W，
我们看到会弹出一个窗口。
各选项含义如下，2、3、4 分别代表了该软件的三个功能：多序列比对、基于已有剖面的比
对、构建进化树。
按照提示选择不同的选项将得到你需要的结果。
1 输入待比对序列；
2 进行多序列比对；
3 进行基于已有剖面（profile）的比对；
4 构建进化树；
S 执行非clustalw 的系统命令；
H 打开帮助文件；
X 退出程序；
六、使用案例：
步骤1：导入要比对的文件。支持NBRF/PIR, EMBL/SwissProt, Pearson (Fasta), GDE, Clustal, GCG/MSF多种序列格式。
步骤2：进行多序列比对。
选择默认输出的aln格式比对文件。
按回车退倒上一层，选择第一种比对模式，回车，然后再写一个输出文件名即可。
步骤3：比对结束之后，在最外层的菜单，选择4，构建系统发育树。
按X退出软件。
七、注意事项：
1、敲clustalw2命令后面接-HELP即可输出命令行选项，命令行模式可以进行批处理操作。
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