一、我国区域公共管理在发展的过程中存在一些问题
(一)存在行政化泛滥的问题
在区域公共管理中，行政化的处理方式有助于促进政府间的交流与合作，保障组织的顺利运行。行政化虽然能够帮助实施区域公共管理，但是也要谨慎预防泛行政化现象的出现。如果组织目标与运行方式以及权力来源都采取行政化的手段，一旦行政化泛滥，将丧失行政化原有的效力，从而扭曲解决区域问题的宗旨，区域公共管理中平等、合作的精神也将受到严重破坏，地方与政府之间的沟通与协作也会难以实现。所以，行政化手段是把双刃剑，善用者能够发挥效力，滥用者只能收获适得其反的结果。
(二)存在流域治理的问题
从自然区域的角度看，流域的整体性极强，上下游之间的关系尤为密切，流域内的自然要素一旦受到破坏，势必会对周围的环境造成难以修复的影响。但是从行政区域的角度看，流域往往被不同的行政区域所划分，因此它又是不完整的。而不同的区域基于不同的立场考虑，很难达成一致实现区域间的合作，往往是自己污染自己治理。正因为如此，地方政府的功利动机与流域治理的公益之间的矛盾与冲突日益凸显，从而也导致区域环境的污染得不到及时有效的治理。
(三)存在政府制度缺失的问题
政府的制度在区域公共管理中发挥着重要的作用，是保障区域公共管理高效、合理、合法的重要一环。但就目前的形式来看，政府制度在这一环中存在着严重的漏洞与缺失，主要表现在：区域公共管理的制度安排有待完善以及区域政策的制度框架尚未成形。例如，地方保护主义普遍存在，严重影响区域整体经济效益的发展与提高;流域治理中生态补偿机制、利益协调机制等弊端频现;宏观以及中观区域治理的制度框架仍然处于探索阶段。另外，行政区行政的治理理念依然存在。这种颇具等级层次的治理方式，将外溢性区域公共问题排除在等级治理的层次之外，因此有待进一步的健全与完善。
二、促使区域公共管理制度创新的复杂因素
(一)全球化与区域化的推动，促使区域公共管理的制度创新
在全球化以及区域化迅猛发展的势头下，诸多复杂的因素交织在一起，使得国际新区域运动勃兴，国家民族间原有的区域形态被打破，由封闭形态向着开放性的区域化模式迅速转变，促使国际间的宏观区域公共问题日益明显。这种跨国性的区域公共管理问题一旦引爆，单纯依靠国家内部的力量已难以应对，必须借助洲际间的团结协作才能顺利完成。例如，国家安全、环境治理等。另外，全球化以及区域化推进，增强了相邻国家间所形成的“次区域”的相互依赖感，因此引发了一些无法回避的中观区域公共问题。例如，发生在新加坡、马来西亚以及印尼三个相邻国家的合作供水问题。
(二)工业化与城市化的推进，促使区域公共管理的制度创新
中国的工业化以及城市化进程的不断推进，引发了诸多形式复杂的区域公共问题。主要包括行政区划的变革问题。行政区划的变革与调整在多股动力的助推下显得格外频繁，同时也充分显示出政府体系间的再分配过程以及政治权力之间的激烈角逐。另外一种区域公共问题是由中国几千年农耕历史所决定的城乡二元结构问题。中国的农民人口众多，为农村城市化带来了巨大的压力。可以说，中国的城乡二元结构问题是存在于城市与农村两种不同政治行政区域之间的差异问题，需要在这两种区域之间进行必要的制度协调与重组，才能弥补公共管理之间的制度差异。因此，转型时期的城乡二元结构问题尤为值得探究。例如，村改居问题以及“城中村”问题等。
(三)市场化与现代化的催生，促使区域公共管理的制度创新
从清末、建国、改革开放到近代，我国经历了西学东渐、四个现代化建设、区域的非均衡协调发展，这些艰辛的经历换来了我们迄今令人瞩目的现代化业绩。然而较之西方国家，我国的综合现代化水平依然很低，与西方国家的发展水平相比，差别甚巨。特别需要注意的是，我国是一个非均衡发展的国家，在发展水平与现代化程度上存在着严重的落差，极易引发一系列区域公共问题。典型的有：一些现代化水平较低的区域与沿海发达区域间所形成的差距逐渐扩大的“马太效应”趋势;中部以及东北老工业基地所逐渐呈现出的发展困境，使得“问题区域”的态势愈加明显;广东、福建、江苏等沿海内部区域发展的差距逐渐拉大;东、中、西部之间发达、次发达以及欠发达区域的发展差距日益突出。
三、在我国区域公共管理中进行制度创新的有效途径
(一)建立科学的绩效管理体系
政府官员的绩效观与其对政府政策的执行密不可分。官员所持的正确的绩效观应该以公共利益为出发点，公众受益才是衡量官员
(二)建立健全区域公共管理机制
有关学者指出，全球性的最突出特点是网络性，因此在全球化的背景下催生出的区域公共管理问题，其治理机制应该是网络性的，而不能单纯采用划分等级层次的机制进行治理。我国在区域公共管理的问题上应该针对不同的组合方式建立相应的管理机制。例如，在治理行政区政府的公共管理问题时，多采用网络主义、多元主义等。对于抽象的区域公共管理问题而言，传统的科层制已经无法适用于不同类型及层次的区域公共管理问题，需要在此基础上借助特定的市场机制来实现综合治理。
(三)转变区域公共管理的管理理念
区域公共管理理念的转变，需要紧密结合现实实际，破除传统的落后的管理理念，传承先进的科学管理理念。区域公共管理代表了一个时期社会的变迁以及时代的发展，其区域经济带在建立的同时，它的管理主体也发生了相应的变化，因此需要根据实际情况适时转变管理理念。其次，在管理理念上，应该改变专项的行政理念，树立团结协作共同治理的先进理念。这样一来将能够有效缓解因行政区划的限制而对特定经济带的发展所形成的阻碍作用。再次，需要分散公共管理的权限。通过主体与客体之间的沟通与协作，明确二者之间的关系，建立多元、互动、分散的权利运行机制，以此实现管理理念的转变。
(四)完善区域公共管理的政策
区域政策的完善，是解决区域公共管理问题的重要保障。与时俱进的区域政策能够有效推动区域管理制度的创新。传统的单边、内向型的区域政策，为区域经济带的发展带来了诸多不利影响。为了改变这种现状，需要在以下两方面做出努力。即尽量避免管理机制所引发的负面影响，加强区域协作精神，充分实现政策一体化以及结合时代发展趋势，努力实施区域的功能性政策。前者在扩大了市场、降低了成本、收获了巨大的经济效益。后者有利于缓解政府间的不正当竞争，协调区域发展，缩小区域发展间的差距。我国的区域公共管理在全球化、工业化、城市化、市场化以及现代化的大趋势下逐步发展的过程中凸显出一些问题。这些问题的有效解决，需要在绩效管理体系、区域公共管理机制、区域公共管理理念以及区域公共管理政策方面实现突破与创新，以此才能实现区域经济的科学发展。
