写在前面 写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活,然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题,希望...[作者空间]
记录下小编自己可能用到的小脚本 (1)fasta转phylip格式 用法:python fa2phy.py s...[作者空间]
背景介绍 这篇应该是10x genomics数据辅助基因组组装的最后一篇,tigmint也是这些软件之中效果最好的...[作者空间]
HIFI技术的简介 HiFi reads(High fidelity reads) 是Sequel II 三代测序...[作者空间]
(全文约3500字) 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后,用组合jellyfish+GenomeScop...[作者空间]
现在基因组组装的流程一般是用nextdenovo直接组装三代数据,但是三代数据组装出来一般都会有一些问题,所以要对...[作者空间]
依据大家上传数据的习惯,绝大多数生物信息学数据都是可以从NCBI上下载到,当然也可以通过DDBJ,EBI去下载。另...[作者空间]
1.MUMmer4安装 ## install conda create -n mummer4 -c biocond...[作者空间]
利用eggnog-mapper软件生成注释文件 准备文件:pep.fasta序列(一定是蛋白序列文件)以及eggn...[作者空间]
几种做基因组survey的方法包括jellyfish、genomescope2.0、gce等软件1.jellyfi...[作者空间]
访问网址:http://www.uniprot.org/[http://www.uniprot.org/] 数据库...[作者空间]
文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正! 官方说明:https://github.com/PASAp...[作者空间]
记录下braker2的使用要点,以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组、转录组...[作者空间]
Verkko是一款能够对HiFi和ONT数据进行混装的工具,是一款可以用于T2T组装的工具。 1 Verkko安装...[作者空间]
同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对,找到同源序列。然后在同源序列的...[作者空间]
测序: RNA-seq:100Xnanopore:80Xresequence:30X 质控: 使用fastp对RN...[作者空间]
一:RepeatMasker安装 在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽,目前常用的从头注释pipeline就是R...[作者空间]