老的生存分析在线工具不断更新的同时，新的工具不断涌现，真是让人应接不暇。今天在这将现有的这些工具做一个综合整理。关...[作者空间]
参考链接：http://www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-...[作者空间]
刘小泽写于2020.1.23 遇到的问题 就是常规的差异分析结果进行GO富集分析，代码是： 得到了这个背景基因集(...[作者空间]
因为10X仪器的商业化成功，目前大家的单细胞转录组课题基本上都是10X数据，所以我在单细胞天地分享了一系列相关教程...[作者空间]
我一直强调过，所谓的单细胞数据分析，其实就5个R包，分别是: scater,monocle,Seurat,scra...[作者空间]
转录组已经走入寻常百姓家了，现在生命科学领域实验设计搞个转录组测序就跟PCR和WB一样频繁和普及，但并不是所有人都...[作者空间]
前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的...[作者空间]
老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认...[作者空间]
该文大部分来自Nature Reviews Genetics的综述“Structural variation in...[作者空间]
之前只是自己用bowtie2和bwa建过index,直到这个东西的作用就是加快比对到参考基因组上的速度，但是不同比...[作者空间]
我们对GSE17215进行分析 按照原数据3X3分组 1.注释基因，整理数据 2.检查数据 发现按照3X3分组样本...[作者空间]
1. 如何选择参考基因组？——李恒2017年年底博客 1.1 三种选择 如果比对到GRCh37/hg19，使用： ...[作者空间]
原文地址 1.简单介绍 t-SNE(t-distributed stochastic neighbor embed...[作者空间]
0. 简介 这篇文章是发表在Nature Methods上的使用深度学习来扩充可变剪切的分析。通讯作者是来自于UC...[作者空间]
今天在Biostar上看到了这个关于samtools bedcov vs. bedtools coverage ...[作者空间]
我们之前已经介绍过如何《使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型》，具体思路就是根据已知细胞系的表达谱，计算...[作者空间]
导读 当用到多个数据集合并分析时不可避免要处理批次效应，一篇2011年的批次效应处理工具测评文章中说，sva的Co...[作者空间]
写在前面的废话 我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~ 刚开始接触二代测序时，是跟着Jim...[作者空间]
太长不看版本 DESeq 最新版本（v1.25.9）针对大样本分析的速度和之前相比有了质的飞越，果子老师的 121...[作者空间]
