最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，...[作者空间]
用到了这个需求，找教程的时候，其实也找到了比如这个 (1 封私信) Cytoscape整合GO富集分析和表达结果 ...[作者空间]
featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好...[作者空间]
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达...[作者空间]
学习目标 了解 RNA-seq count 数据的特征 比较 count 数据的不同数学模型 确定最适合 RNA-...[作者空间]
有人说富集也有用柱状图的，这个应该是最好画的图。可以水平放，也可以垂直放。 dt1 <- data[data$Ti...[作者空间]
一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实...[作者空间]
非模式物种 step1:注释把本物种的蛋白序列用diamond到eggnog数据库比对 拿到eggnog的注释结果...[作者空间]
最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~im...[作者空间]
前言：今天在图形绘制教程是，无意间看到两篇相对较好的教程，自己觉得写的还是比较详细的，以及我们做生物信息学数据分析...[作者空间]
前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题，而目前对此类问题的相关研究还比较少，有用RPKM...[作者空间]
三四十页的转录组的测序报告不知该如何入手，众多分析结果不知该关注哪些？今天我们就从RPKM到KEGG，慢慢给你讲解...[作者空间]
使用在线工具 https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost[https://biit....[作者空间]
导读 要点： !duplicate函数去重做索引 table函数去重统计 order函数进行排序 ggplot g...[作者空间]
仅限用于SLURM调配系统的服务器递交任务[作者空间]
所有的命令粘贴于此，用于快速完成分析任务。具体软件参数，见 转录组全新学习之总篇 clusterProfiler小试牛刀[作者空间]
Y叔的RNA-seq workflow 强力推荐 数据已经存在服务器，基因组注释文件、基因组文件都已经存在。服务器...[作者空间]
参考链接https://www.jianshu.com/p/c01b4cc1b98ahttps://www.jia...[作者空间]
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分...[作者空间]
