1. 下载Cisbp数据库中的motif文件 (1) 下载文件 CISBP数据库[http://cisbp2.cc...[作者空间]
引言 本文[https://stuartlab.org/signac/articles/snareseq]将带您分析一个单细胞联合检测数据集，该数据集能够同时测量细胞内的基因...[作者空间]
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集（即peak calling）的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq（染色质...[作者空间]
【导语】 2024年2月15日，来自日本Kanazawa University的Yusuke Miyanari课题组在《Nature Genetics》上发表了题为“Geno...[作者空间]
写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程...[作者空间]
ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。C...[作者空间]
前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送...[作者空间]
这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。 1 使用bowtie2进行比对 用bowtie2进行比对和统计比对率,...[作者空间]
寻找motif 构造HOMER软件指定使用的peak文件格式 差异peak分析 构造计数矩阵 拿到表达矩阵后，后面...[作者空间]
1. deeptools可视化 将bdg文件转为bw文件 查看TSS附件信号强度： 查看基因body的信号强度 2...[作者空间]
使用macs3找peaks FRiP 计算 Fraction of reads in peaks (FRiP) 指...[作者空间]
bowtie2 比对 其中bowtie2比对加入了-X 2000 参数，是最大插入片段，宽泛的插入片段范围(10-...[作者空间]
处理流程 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别，都是peak-calling，也就是从比...[作者空间]
一：染色质可及性 染色质关闭：压缩DNA 人的DNA链全部展开大约有2m，需要折叠为染色质结构才可以存储到放到细胞...[作者空间]
一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的...[作者空间]
写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间...[作者空间]
2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程...[作者空间]
本文分享我的 ATAC-Seq 分析流程，为了控制篇幅，关键的 Peak calling 步骤会详细介绍，而 Mo...[作者空间]
ATAC-Seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下...[作者空间]
ATAC-seq 研究染色质的可及性，即某个时间点同时进行转录的 DNA 区域。这部分区域的染色质 DNA 被打开...[作者空间]
