RNA-seq数据的批次校正方法 bulk-RNA seq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度...[作者空间]
上一章，我们将经过过滤的甲基化数据保存为了ChAMP直接可读的Rdata格式，接下来，我们直接读取Rdata进行数...[作者空间]
前言 最近接触到ROC曲线相关的问题，因此下面整理出相关的文章，记录相关原理和应用。 数据分析最让人着迷的一种用途...[作者空间]
在上一篇笔记里，学习了利用maftools分析TCGA数据库里的simple nucleotide variati...[作者空间]
MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的...[作者空间]
CpG CHG CHH含义p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他...[作者空间]
PSM: 平衡和矫正混杂因素 慎重选择：可能会造成选择性偏倚。因为匹配后，贫血组和非贫血组都删掉部分人。那些删掉的...[作者空间]
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在...[作者空间]
1、什么情况下用RNAseq RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下，所有基因的表达...[作者空间]
第一步，下载COAD数据 第二步，注释表达量 第三步，提取肿瘤表达矩阵 第四步，根据基因表达量筛选一些基因[作者空间]
安装软件 对于差异基因我们有三个R包，DESeq，edgeR，和limma包，三个包都可以，作者更倾向于DESeq...[作者空间]
（1）分析单个基因在TCGA多个类型肿瘤中的分布（正常/肿瘤） 通过TCGAbiolinks下载表达量数据集 注释...[作者空间]
TCGA数据库不仅仅存储了测序数据，更为珍贵的是TCGA数据库也存储了相关的临床信息，有了这些临床信息，后续可以进...[作者空间]
之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数...[作者空间]
TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 ...[作者空间]
