1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度:某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一...[作者空间]
前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包,...[作者空间]
参考资料 南方医科大学网红博导Y叔的一本神奇的书https://yulab-smu.github.io/clust...[作者空间]
作图的目的是希望在图里面发现问题或者解释问题,当然更本质一点就是你想解决什么问题? 前几天做了一个PCA的图,图是...[作者空间]
clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包,看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接...[作者空间]
关于ATAC-seq分析,在网上看到两篇关于同一片综述的翻译,写的很好:ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐(...[作者空间]
http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html https://...[作者空间]
单细胞测序的知识系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一) 单细胞转录组测序主要步骤 RNA molecul...[作者空间]
过表征分析(ORA, Over-Representation Analysis)是最初用于在大量差异基因寻找/...[作者空间]
前面分享了FPKM数据该怎么分析?后来看了一下别人分享的例子,应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FP...[作者空间]
刘小泽写于19.5.7主要看流程,这一篇不涉及真实数据展示 总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据...[作者空间]
斯坦福大学Satija lab的 Seurat v3.1 guidline于近日更新啦!其中包括许多个性化的模块,...[作者空间]
今天群里有人提问: 如何对数据框进行多变量分组,分别求平均数? 给出的原始数据是这个样子的 年代是从1990到20...[作者空间]
1.使用varscan软件检测肿瘤配对样本的拷贝数变异情况 1.1-1.2:官网上1.1-1.2的步骤如下: 1....[作者空间]
软件介绍 于2014年首次发表在Bioinformatics期刊上,Trimmomatic是一个快速的多线程命令...[作者空间]
拟时(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过...[作者空间]
前言 今天,想在NCBI上下载lncRNA数据,突然发现Aspera的ascp(报错:ascp: Failed t...[作者空间]
要问分析TCGA数据库大家最讨厌什么?就小编而言,当初学习TCGA数据库时候最讨厌用R软件分析时候代码的报错!这个...[作者空间]
前言 论一个气场合适的导师的重要性。想起一个微信朋友前截图 A:导师牛不牛,师兄师姐牛不牛,跟你牛不牛没有关系 B...[作者空间]
一:背景介绍 之前一直在死磕ChIP-seq的实验,接下来要逐步过渡到ChIP-seq的上手分析了。在进行Ch...[作者空间]