1.鉴定细胞状态 以t-SNE图呈现AUC评分和TF表达情况（即调控元件的活动度） 利用AUC 交互app（Sco...[作者空间]
GRN：基因调控网络 分为四步进行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost：基于共表达情况鉴定每个TF的潜在...[作者空间]
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clust...[作者空间]
上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题...[作者空间]
如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响? 首先，我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。这些...[作者空间]
欢迎关注”生信修炼手册”! monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包，提供了聚类，pseudotim...[作者空间]
结合单细胞测序和功能筛选揭示lncRNA H19对胚胎造血干细胞发育的关键作用 日期：2019年1月19日——20...[作者空间]
给学徒的ATAC-seq数据实战 本次给学徒讲解的文章是 :The landscape of accessible...[作者空间]
概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和...[作者空间]
梗概 参照官网教程：http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-rele...[作者空间]
安装 MACS2功能：macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能，能够利用bam文件寻找chip ...[作者空间]
给学徒的ATAC-seq数据实战 本次给学徒讲解的文章是 :The landscape of accessible...[作者空间]
学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异...[作者空间]
上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣...[作者空间]
上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后...[作者空间]
原文：这篇文章是18年4月发表在Cell上的， 原文链接: Integrated Single-Cell Anal...[作者空间]
背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，...[作者空间]
TRANSFAC 数据库 有两个版本，公开版和专业版 JASPAR数据库 JASPAR是收集有关转录因子与DNA结...[作者空间]
