最近在做Affy的SNP 6 芯片家系数据做连锁分析,找家系的致病性基因,拿到的是 *.CEL 文件,然后用ME...[作者空间]
1. 服务器集群 服务器集群就是指将很多服务器集中起来一起进行同一种服务,在客户端看来就像是只有一个服务器,集群可...[作者空间]
参考:https://satijalab.org/seurat/articles/essential_comman...[作者空间]
1、读取R格式文件 1.1 读写RDS格式文件 1.1.1 导出RDS文件 1.1.2 读取RDS文件 直接双击已...[作者空间]
是的,本篇不讲解软件的安装使用,因为网上的教程已经非常多了。 但是有关rMATS的输出结果,网上的教程都很少提到,...[作者空间]
linux分析部分详见RNA-seq分析流程(一)https://www.jianshu.com/p/e8a0be...[作者空间]
单分子纳米孔测序 https://poretools.readthedocs.io/en/latest/index...[作者空间]
在用Seurat包做多样本整合的时候,我们通常采用两种方式:(1)merge的方式(2)FindIntegrati...[作者空间]
转自:https://mp.weixin.qq.com/s/EFhFnAc25tCo4-kqdUSt8g[http...[作者空间]
XCAVATOR 软件 检测CNV的方法 当前,检测SV的主要方法有如下4种: 1.1 read count/de...[作者空间]
转录组学(Transcriptomics),是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科,从R...[作者空间]
SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_...[作者空间]
肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程image.png 基本概念:germline/somatic/driver/pass...[作者空间]
多重序列比对(Multiple-Sequence-Alignment , MSA)应该是序列分析中最为基础的操作了...[作者空间]
在进行序列分析时,难免要做一张序列两两比较的同一性(大致和相似性差不多)表,比如下面这样的: 单一核苷酸或者氨基酸...[作者空间]
之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候,一般就是只看某一个基因附近的peaks,或者同时打开好几个IGV界面...[作者空间]
简单粗暴,附上代码[作者空间]
序列比对是非常基础的工作,生物信息学分析大多涉及到这一步骤,虽然大部分人不做相关算法或软件的开发,但是了解总体的算...[作者空间]
基本概念 SNP:单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 SNP位点注释...[作者空间]
基因结构包括编码区(CDS)和非编码区 编码区:不连续的基因结构,包含外显子和内含子,它们交替出现。CDS序列以A...[作者空间]