上期给大家介绍了NCBI、Ensembl 这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物）...[作者空间]
串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成...[作者空间]
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释...[作者空间]
今天学习绘制下面这个paper里面的一个图。 从图中，可以看出，图片分成2个部分，左边是进化树，右边是类似气泡图。...[作者空间]
背景 基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合...[作者空间]
本文包括内容： 1. 基因长度定义 非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的...[作者空间]
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b18...[作者空间]
之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。 这里的二代测序...[作者空间]
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些...[作者空间]
导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去...[作者空间]
转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DN...[作者空间]
一、使用Regtag将contig挂到染色体上 二、使用Repeatmasker进行基因组数据屏蔽： 三、基因预测...[作者空间]
安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装...[作者空间]
生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件g...[作者空间]
不需要prefetch（SRA-Toolkits里面的插件），prefetch已经不能和aspera联用,网上很多...[作者空间]
内容翻译自：https://omni-c.readthedocs.io/en/latest/[https://om...[作者空间]
一、写在前面 扣扣群：559758504（目前无需验证，一键即可加入） 如果你不想学，老板又催着要，你可以加群私聊...[作者空间]
