1. 数据和基因集准备 数据准备 基因集准备 使用AverageExpression函数提取分组平均表达矩阵 2....[作者空间]
参考：生信会客厅 harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA...[作者空间]
参考公众号：生信会客厅 使用目录向量合并 使用merge函数合并seurat对象 通过最后的dim和table函数...[作者空间]
参考：公众号：[bioinfomics](javascript:void(0);) Seurat3可以对多个单细胞...[作者空间]
参考：https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutor...[作者空间]
RidgePlot山脊图 VlnPlot小提琴图 FeaturePlot特征图 DotPlot点图 DoHeatm...[作者空间]
此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分...[作者空间]
主要通过MonocleR包，使用反向图形嵌入(Reversed Graph Embedding)的机器学习算法，来...[作者空间]
单细胞数据分析中，一般需要对可以细分的细胞再聚类，比如本次分析中的T细胞群体可以细分为Naive T cells、...[作者空间]
细胞完成聚类和降维可视化之后，细胞群的异质性已经体现出来了，那么各个cluster的细胞如何鉴定细胞类型呢？通用的...[作者空间]
寻找高变基因 横坐标是某基因在所有细胞中的平均表达值，纵坐标是此基因的方差。红色的点是被选中的高变基因，黑色的点是...[作者空间]
质控，过滤 我们可以看到，nFeature_RNA的范围在0到6000之内，percent.mt代表线粒体含量我们...[作者空间]
我采用的是本地安装的方法网址：https://cran.r-project.org/web/packages/Se...[作者空间]
1、R语言镜像设置 2、下载测序数据 2.1 prefetch下载SRA格式 sra-tools软件的prefet...[作者空间]
今天抽个空把单细胞领域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍，跑完以后的感觉就是有这样的理解，就是单细胞我...[作者空间]
一、背景知识 文献：https://www.aging-us.com/article/103695/text[ht...[作者空间]
