写在前面 近期抽空基于OrthoVenn2给SapBase新增了一个比较基因组方面的模块。OrthoVenn2可对...[作者空间]
桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下： DNA1.Ger...[作者空间]
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 ...[作者空间]
导读 Fastp能检测和去除adapter，PE序列overlap区碱基矫正，slide window修剪头尾，p...[作者空间]
创建一个新用户，并配置使用。create_usr.sh： 运行创建：[作者空间]
目录 前言[https://www.jianshu.com/p/729673778e43] 方法简介[https:...[作者空间]
群体进化与选择信号：●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件...[作者空间]
问题起因：在用gatk进行HaplotypeCaller时，报错 原因是在用hisat2或者bwa比对是没有添加R...[作者空间]
需求 客户反映，完整的基因组太大打不开，要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现？ 方法一 借助工...[作者空间]
1、准备fasta文件，这里使用的是13份野生稻 2 、准备日本晴基因组文件 3、bwa 生成索引文件 bwa i...[作者空间]
需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件...[作者空间]
选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频...[作者空间]
今天的推文内容主要参考 https://www.rpubs.com/michelleprem/683962[htt...[作者空间]
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jia...[作者空间]
ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包，ggtree的作者还专门写了一本书对ggtr...[作者空间]
ABBA-BABA分析方法最早发布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals...[作者空间]
昨天看了gatk的官网，从2018年发布正式版的4.0.0开始，到现在已经更新到4.1.8，在速度和准确度上都有了...[作者空间]
参考链接： https://mp.weixin.qq.com/s/awdjoXRYobrQAbXmAp3C0g g...[作者空间]
Getting-started-with-GATK4 GATK代表GenomeAnalysisToolkit。 它...[作者空间]
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知...[作者空间]
