适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存...[作者空间]
今天小编分享的这篇paper是来自《Genome biology》的综述，其回顾了空间转录组学中统计和机器学习方法...[作者空间]
需求一：从adata.obs 的'batch' 列里提取包含['batch_1','batch_2','batch...[作者空间]
新的一年，新的开始，既然选择了前方，只顾风雨兼程。 这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------s...[作者空间]
前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角...[作者空间]
satijalabsctransform包的github网址：https://github.com/Christo...[作者空间]
1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函数来...[作者空间]
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-th...[作者空间]
今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X...[作者空间]
在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory sco...[作者空间]
练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Car...[作者空间]
10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或mu...[作者空间]
刘小泽写于2020.5.15相信你看到这个问题，可能感觉很简单，不就一个参数的问题吗？下面来看探索（全程是基于ph...[作者空间]
作者：ahworld链接：seurat结果转为scanpy可处理对象来源：微信公众号seqyuan著作权归作者所有...[作者空间]
刘小泽写于19.9.10高变异基因就是highly variable features（HVGs），就是在细胞与细...[作者空间]
摘要 一文介绍单细胞测序生物信息分析完整流程，这可能是最新也是最全的流程 基础流程（cellranger） cel...[作者空间]
