随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为...[作者空间]

软件工具RagTag github主页 https://github.com/malonge/RagTag[htt...[作者空间]

hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gpr...[作者空间]

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑...[作者空间]

写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径...[作者空间]

QUAST是评估基因组组装质量的常用工具，可计算N50等contig基本信息（without reference）...[作者空间]

1. MUMmer简介 MUMmer（Maximal Unique Match mer）软件中使用率最高的命令nu...[作者空间]

LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。转载自https://www.jianshu.com/p/f962d...[作者空间]

在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序...[作者空间]

目录 RepeatModeler 是从头预测transposable element (TE)的软件，它的核心是结...[作者空间]

Ref | 根据基因组 fa 文件和 gff 文件提取 cds 并翻译成 pep[https://www.jian...[作者空间]

基因组组装完成后，可通过查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介...[作者空间]

在用MEME-chip进行模体搜索时，需要将fasta格式的文件上传，而上传的数据又必须是大于50bp且等长的序列...[作者空间]

1. RepeatMasker安装 功能：重复序列屏蔽（已知什么序列是重复序列了） (1) 准备工作 利用cond...[作者空间]

一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE ...[作者空间]

EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估...[作者空间]

cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没...[作者空间]