这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比...[作者空间]
对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下 每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反...[作者空间]
一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的...[作者空间]
Single-nucleus transcriptome analysis reveals dysregulati...[作者空间]
部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入...[作者空间]
最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！ 我们的任务是实现下面这张图 直接开始,读取数据 开始绘制 ...[作者空间]
写在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effective ge...[作者空间]
写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间...[作者空间]
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相...[作者空间]
本文分享我的 ATAC-Seq 分析流程，为了控制篇幅，关键的 Peak calling 步骤会详细介绍，而 Mo...[作者空间]
最近在学习芬兰CSC-IT科学中心主讲的生物信息课程(https://www.csc.fi/web/trainin...[作者空间]
单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https:/...[作者空间]
基本信息 From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-...[作者空间]
这次跟着课程（Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：Dissecti...[作者空间]
放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscap...[作者空间]
上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后...[作者空间]
