参考：公众号 果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/rdFnq6jCMIjmrWI8A...[作者空间]

1 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。在获得RNA-seq基因...[作者空间]

#LncRNA从入门到精通[https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__b...[作者空间]

前言 在介绍完 TCGAbiolinks 的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个...[作者空间]

数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancerg...[作者空间]

对样本进行分级后，通路的分析不适合传统的kegg和gsea分析，下面把单细胞的gsva分析带入tcga分析，原理一...[作者空间]

突变数据其实做的不多，代码什么的也较少，其实也比较简单，现在就整理了一下，然后得到了柱形图的代码，一并奉上。 下载...[作者空间]

0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在...[作者空间]

生存曲线简介 1958年，Edward L. Kaplan 和Paul Meier也首次在临床研究中提出了生存曲线...[作者空间]

通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章...[作者空间]

通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章...[作者空间]

森林图简介 森林图（forest plot），从定义上讲，它一般是在平面直角坐标系中，以一条垂直于X轴的无效线（通...[作者空间]

多因素Cox回归 单因素cox回归分析得到的是多个自变量与生存之间的关系，但并没有排除其他因素这个结果是否有作用。...[作者空间]

生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数...[作者空间]

在肿瘤研究领域，biomarker的研究以及相应试剂盒的开始，是服务于肿瘤临床的一个方向。这类研究项目依赖于大量肿...[作者空间]

创建文件夹 建立临床信息 建立表达矩阵 过滤 分组信息[作者空间]

安装软件 对于差异基因我们有三个R包，DESeq，edgeR，和limma包，三个包都可以，作者更倾向于DESeq...[作者空间]

下载数据 利用tcga官网gdc下载RNA和clinical数据,这是胃腺癌的代码，可以全程套用,340例癌，33...[作者空间]

一.对于芯片数据： GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不...[作者空间]

变异数据处理的总体思路如下： 1.数据下载 TCGA的突变数据有4个软件得到的不同版本： 这个可以在gdc的官网上...[作者空间]