BLAST的主要理念 blast是区段比对,对于给定的两个序列,blast会把具有相似性的片段(hit)找出来,显...[作者空间]
局部比对算法 —— Smith-Waterman Algorithm Swimt-Waterman算法本质上是一种...[作者空间]
比较序列相似性(sequence similarity)可以考虑用biopython或者emboss的几种比对方法...[作者空间]
今天对次生代谢产物基因簇(BGCs)的氨基酸序列比对的时候,看到结果文件里有%identity和%similari...[作者空间]
官网:http://tandem.bu.edu/trf/trf.html 一、安装 conda一键安装 二、TRF...[作者空间]
紧随上文,知道了如何比较两个长度相同的序列,那么如何比较不同长度的序列,并求出它们的一致度与相似度呢? 一般有两种...[作者空间]
打点法: 是最简单的比较两个序列的办法,理论上可以用纸笔完成。 如果要比较这两个序列 还可以用一条序列自己对自己打...[作者空间]
1.等价矩阵: 与DNA等价矩阵的道理相同,相同氨基酸之间的匹配得分为1,不同氨基酸间的替换得分为0。在实际的序列...[作者空间]
序列比较 认识序列 FASTA 格式,第一行是一个大于号“>”开头,后面紧接注释信息 序列相似性 相似的序列》相似...[作者空间]