1 摘要 二代测序应用于临床常常需要精确地检测变异，这篇文章描述了能精确检测 germline 和 somatic...[作者空间]
1 BQSR定义 Base Quality Score Recalibration(BQSR) 代表碱基质量评分再...[作者空间]
基础概念 RNA可变剪接（alternative splicing）是真核细胞调控蛋白表达的一个重要机制，指转录形...[作者空间]
生信软件、流程依赖的东西太多，docker打包镜像一不小心就是上Gb大小。 镜像太大很多缺点：上传、拉取慢；费宽带...[作者空间]
HRD score = LOH + TAI + LST 参考：Sztupinszki et al, Migrati...[作者空间]
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1...[作者空间]
1、sge提交脚本qsub 2、查询任务qstat 3、任务删除qdel 4、其他命令 5、bash脚本与Linu...[作者空间]
生物信息分析中流程搭建是所有组学分析过程中必不可少的环节，目前市面上一些主流的生信类的公司（包括贝瑞、华大、诺禾等...[作者空间]
一、cnvkit 安装 官网：https://cnvkit.readthedocs.io/en/latest/[h...[作者空间]
肿瘤新生抗原预测的软件有很多，今天测试了一下NeoPredPipe。其预测流程如下图，从VCF文件开始，需要自己提...[作者空间]
外显子测序： SE：单端测序 PE：双端测序，测得reads更长 测序深度：测序得到的待测区域总碱基数与待测区域大...[作者空间]
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终...[作者空间]
好久好久没给大家分享aging的文章了，虽然期刊被说的不怎么样，但是也有靠谱的文章。今天就跟大家分享的是最近发表在...[作者空间]
首先附上软件链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bi...[作者空间]
1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit，是BroadInsti...[作者空间]
这章是真鸡儿难啊，建议后来者做好心理准备。 近交系数 群体近交系数 亲缘系数 具体软件的操作还得后面学习，任重道远[作者空间]
根据bed文件及bam文件，得到每个bin的测序深度： 一、导入包： 二、准备文件，更改工作路径： 三、bedto...[作者空间]
使用GATK4 call snp时总会出错。鉴于GATK4新版的不稳定性，即使有坑也得跳。这里是填坑的地方。 重要...[作者空间]
