前言 单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种重建细胞分化轨迹的有效方法，然而要想同时推断分化的状态与方向是非...[作者空间]
安装说明 escape是BiocManager中的一个库包，当前版本 v1.4.0 (2021-12-29) 只有...[作者空间]
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可...[作者空间]
SingleR包可基于参考数据集，实现对单细胞数据细胞类型的自动注释。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注释...[作者空间]
相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说...[作者空间]
很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marke...[作者空间]
单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析...[作者空间]
首先我们来看看对AUcell的介绍AUCell可以识别单细胞RNA序列数据中具有活跃基因集（例如signature...[作者空间]
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习...[作者空间]
Basic usage 这里，我们使用cellassign包自带的示例数据简单演示其基本用法。首先，加载相关的R包...[作者空间]
cellassign包简介 cellassign基于marker基因的信息自动将单细胞RNA-seq数据分配注释到...[作者空间]
关于细胞定义我们不再多说，用非监督方法聚类后是得到了细胞群体异质性（分了几个群出来），但是这些群都是什么细胞呢？于...[作者空间]
