在单细胞cellranger软件建库的时候必须要用GTF文件，但是有时候有些基因组只有GFF，这时候就需要转换一下...[作者空间]
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_integrat...[作者空间]
1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratO...[作者空间]
最近在研究seurat v5的数据处理。测试的时候发现使用seurat v5包对大数据进行sketch-based...[作者空间]
cellranger在建库之前，有时候需要对GTF文件进行编辑修改。 比如为了后续在Seurat中使用正则匹配去除...[作者空间]
参考链接： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-ex...[作者空间]
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/ge...[作者空间]
AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下： 参考链...[作者空间]
我们在处理seurat对象的时候经常会发现R对象会自动把我们的gene symbol给替换掉，比如所有的下划线被替...[作者空间]
在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决...[作者空间]
Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常...[作者空间]
Garnett is a software package that faciliates automated c...[作者空间]
