挖掘公共单细胞数据集时,会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下,方便自己日后调用,以创建Seurat对象(1...[作者空间]
1. 在同一张UMAP上展示细胞分群情况 问题:如果单独取出cluster再做dimplot,就会出现UMAP图坐...[作者空间]
1.FeaturePlot函数 FeaturePlot使用了split函数之后就没有legend了这个问题之前困扰...[作者空间]
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后,矩阵默认会变成SCT矩阵,如果不...[作者空间]
ssGSEA即单样本GSEA分析,主要可以用来量化免疫浸润。 免疫浸润是什么?要是直白的解释就是免疫细胞渗透到肿瘤...[作者空间]
概述 细胞聚类:基于基因表达信息,将表达谱相近的细胞聚为一类,表达差别大的细胞彼此分开。 Seurat使用[作者空间]
很多人都想学习生信数据分析,可是看到要掌握和学习Linux、Python、C语言、各种软件/工具包、算法...往往...[作者空间]
之前小编已经给大家推荐过几个单细胞数据库:PanglaoDB[http://mp.weixin.qq.com/s?...[作者空间]
一文了解单细胞对象数据结构/数据格式,单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构, 内容构...[作者空间]
来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了一个用于破译癌症单细胞功能状态的数据库:CancerSEA,其相关研究成果已发表...[作者空间]
1、肿瘤微环境定义 肿瘤微环境(Tumor micro-environment, TME)是指肿瘤细胞存在的...[作者空间]
我在R中的stack和unstack函数[https://link.zhihu.com/?target=http%...[作者空间]
最近在分析单细胞数据,用DoHeatmap画热图的时候遇到一个问题,列标签(也就是每个细胞亚群的名字)出界了,在最...[作者空间]
质控 scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源,例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败(例如无效的逆转录...[作者空间]
问题 最近在做单细胞转录组亚群细分的时候,遇到了一个很意外的问题,那就是我之前做的结果,没有保存RDS文件,之...[作者空间]