Charpter 15 Advanced Command Line 背景 在Linux下的数据分析从质控到比对到后...[作者空间]
Charpter_14 Sequence Alignment Maps(SAM) SAM文件是由Tab(\t)分割...[作者空间]
Charpter_13 Short Read Aligners 背景 定义：Short read Aligners...[作者空间]
BLAST: basic local alignment search tool。包括：blastn, blast...[作者空间]
Charpter 10 Sequence Pattern 模式匹配 Sequence Pattern序列模式：A ...[作者空间]
Charpter6：数据的格式Data Formats 常用数据库 NCBI EBI Uniprot Phytoz...[作者空间]
基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表...[作者空间]
What is BLAST:BLAST is a methodology to search few and sh...[作者空间]
什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完...[作者空间]
为了评价一个工具的性能，通常我们都需要先模拟一批数据。这样相当于有了参考答案，才能检查工具的实际表现情况。因此对于...[作者空间]
mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据...[作者空间]
SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式...[作者空间]
1、Shortread aligners are designed to find regions of high...[作者空间]
高通量短读比对工具 在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念, DNA-Seq, C...[作者空间]
map与alignment 新一代测序数据的处理过程中，map/alignment总是同时出现，那么二者的区别是什...[作者空间]
和我交流过的人大多知道我算比较正能量的人，没事就给他们鼓励，毕竟这个世界上大部分人都喜欢打击别人，而鼓励是稀缺的资...[作者空间]
1、Global alignments 全局比对：尽可能保证两条序列的碱基都能配对，因此会有比较多的错配和gap，...[作者空间]
一、grep，以行为处理单位，当数据是多行折叠时，行之间存在换行符，在行尾与下行行首间的模式用grep不能匹配，这...[作者空间]
一、测序数据处理 1、bcl2fastq: converting the per-cycle base calls...[作者空间]
