1.准备工作：获取一个R包的小抄
1>.百度/谷歌搜索tidyr小抄
2>.找Rstudio的cheatsheet网站https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
本次使用了生信星球的包
2.了解tidyr是什么:把你要用的数据处理成标准而统一的数据框（Tidy Data)
主要功能有：
1>.数据框的变形。
2>.处理数据框的空值
3>.根据一个表格衍生出其他表格
4>.实现行或列的分割和合并
准备工作完成以后，就开始在Rstudio里面安装
**（一定要设置好工作目录！！
setwd（dir="R data目录
"））**
在控制台中输入
library(tidyr)
tidyr包
如果没有，就要输入install.packages("tidyr")进行安装，速度慢或者出现报错就在Tools-global options-packages-CRAN mirror改成中国的。
接下来就是新建一个数据框代码是：
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
相当于把新建的数据框赋值给了a
新建数据框
代码窗口就会是这样
代码窗口
rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。
1.paste，连接两个字符串，括号要填两个代连接字符并指定分隔符（sep），没有分隔符就填sep=“”。
- 1：3表示从1到三。如需一列中需要填入三个无规律的数字，可以用向量c(1，3，4)，同样如果填的是字符串也需要加双引号，例如
c("doudou","huahua","xiaoyu")。
3.了解概念：key-value--“键值对” ，表示一种对应关系。“键”和“值”都是列名，如SampleName和Expression的对应。
4.函数后面一般都要加括号，括号里第一个参数是都数据框名
5.字符串要加双引号（行名和列名也是字符串，但是可以不用加），其他单元格（姑且这么叫了）里出现的字符串要加。
6.行 raw
7.列 column，简化写法为col
tidy就是每个变量（variable）占一列，每个情况（case，姑且这么翻译）和观测值（observation）占一行
将我们下载好的tidy小抄放在我们R data目录下
输入
a<-data.frame(country=c("A","B","C"),"1999"=paste(c(0.7,37,212),"k"),"2000"=paste(c(2,80,213),"K"))
输入
显示表格会在数字列名前面加上X，所以我们需要输入代码：>gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases")
就是合并后的Key、value列名
输入gather后
或者偷懒写法：>gather(a,"year","cases",X1999,X2000)或gather(a,year,cases,-country)
处理丢失数据
示例数据要存放在Rdata文件夹下
输入
X<-read.csv('doudou.txt')
输入代码后
导入：X<-read.csv('doudou.csv')
导出：write.csv(X,'doudou.csv')
drop_na(x，x2) 有空值的，整行删掉
drop
fill(X,X2):根据上一行数值填充好
fill
replace_na(X,list(X2=2)) 空值填进去特定的一个数值（还是在应付）
括号里填数据框名，要填的列名=要填的值
replace
complete(X,neting(X1),fill=list(X2=5) 把空位置补全
读取的命令式是
com <- read.csv("com.csv")
comlete(con,nesting(GeneId,SampleName,Expression),fill=list(Annotion="odd relate"))
列出每列值所有可能的组合
pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
用的是开头我们新建的并赋值给a的数据框。
网友评论