SSH 为 2 个主机间提供安全加密连接，这个连接还可以用于终端访问、文件传输、隧道其他应用以及 X11 图形化应用，除了 ssh 客户端还有其他的 SSH 命令：
- ssh-keygen - 为公共密钥身份验证创建密钥对
- ssh-copy-id - 在服务器上配置授权的公钥
- ssh-agent - 单个登录的私钥代理
- ssh-add - 为代理添加密钥（key）的工具
- scp - 具有类似 RCP 的命令接口的文件传输客户端
- sftp - 具有FTP式命令接口的文件传输客户端
- sshd - OpenSSH server
ssh 连接
ssh 命令格式如下：
ssh [options] destination [command]
其中 destination 是访问的主机（host）地址，可以是 IP 地址也可以是网址。ssh 默认使用当前用户访问主机，可以用 "user@destination" 格式指定用户。
ssh -p 22 pengguoyu@10.2.3.234
这里 -p 参数指定端口。如果是第一次访问该主机会有个提示，输入 "yes" 继续 ssh 连接，并且会将主机加入已知主机列表，下次访问就不会再有这个提示。
$ lssh -p 22 pengguoyu@10.2.3.234
The authenticity of host '10.2.3.234 (10.2.3.234)' can't be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:xVVX6QLT4aRdLVNcFPzC5nNDmz4R6a24+TRgI7GQnsQ.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no/[fingerprint])? yes
Warning: Permanently added '10.2.3.234' (ECDSA) to the list of known hosts.
继续连接会要求输入密码，以后每次连接也一样会要求密码验证。要注意跟平时在 windows 输入密码不同，这里输入密码不会显示星号 "*" 也没有其他任何显示，不要以为出什么问题了，把密码输入完整按回车即可。
pengguoyu@10.2.3.234's password:
如果是经常需要连接的主机，可以使用 ssh key 验证，就不需要每次输入密码了。
先用ssh-keygen 命令创建密钥对，需要交互的地方直接按回车就行了。
$ ssh-keygen
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/matthew/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/matthew/.ssh/id_rsa
Your public key has been saved in /home/matthew/.ssh/id_rsa.pub
The key fingerprint is:
SHA256:osroH+UURy8f4TPAtYOddbumEHsOvmuJXZeS+iIoWrE matthew@localhost.localdomain
The key's randomart image is:
+---[RSA 3072]----+
| .o.o . . |
| ..* = . . |
| . + % . |
| o o B . |
| . o. S= ..o. |
| *. .. =+oo |
| E... o.+oo |
| o.o.. o *. |
|oo=.. oo+. |
+----[SHA256]-----+
完成后密钥对保存在 ~/.ssh 目录。其中 id_rsa.pub 是公钥。
$ ls ~/.ssh
id_rsa id_rsa.pub known_hosts
然后用 ssh-copy-id 命令将公钥拷贝到主机。其实这个命令做的事是将公钥拷贝到主机的 ~/.ssh/authorized_keys 里，所以手动完成也是可以的。
$ ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub -p 22 pengguoyu@10.2.3.234
成功以后再连接就不需要输入密码了。
$ ssh -p 22 pengguoyu@10.2.3.234
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scp
scp 命令用于传输文件，scp 命令格式如下：
scp [-346ABCpqrTv] [-c cipher] [-F ssh_config] [-i identity_file] [-J destination] [-l limit] [-o ssh_option] [-P port] [-S program] source ... target
这里设定端口是大写的 -P 而不是小写，限制带宽使用 -l 参数，单位为 Kbit/s.
远程主机文件/目录格式一般是：
[user@]host:[path]
从本地拷贝到服务器案例。
$ scp homo_sapiens_vep_102_GRCh38.tar.gz pengguoyu@10.2.3.234:/home/pengguoyu/Database/VEP_Cache
如果有多个服务器，甚至可以用 scp 从一个服务器传输到另一个服务器。
$ scp -3 -r scp://pengguoyu@10.1.1.122:220//Example/Mutect2/ \
pengguoyu@10.2.3.234:/home/pengguoyu/Example/WGS/
在上面的命令，我把一台服务器里的 Mutect2 结果传输到另一台服务器。参数 -r 是递归传输目录下所有文件，参数 -3 设定通过本机中转传输，因为我的 2 台服务器之间无法直接连接，但是我的电脑可以分别连接 2 台服务器。第一个地址是 scp URI. 格式是 scp://[user@]host[:port][/path] 能够方便指定不同的端口。
常用参数
- -P | 端口
- -C | 压缩传输
- -l | 限制带宽使用，单位 Kbit/s
- -r | 用于目录拷贝，递归拷贝所有的文件
- -q | 静默模式
- -v | Verbose mode, 输出详细的日志信息
- -p | 小写的 p， 保持原文件属性
参考资料
SSH Command - Usage, Options, Configuration
Using scp Command in Linux: 10 Practical Examples Explained
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