scanpy 运行官方教程umap图片形状奇怪

微信图片_20220912234344.png 微信图片_20220912234404.png

这个貌似是umap 版本的问题

后来重新更新了Python=3.8，scanpy=1.9.1 就没问题

附

py36

scanpy==1.7.2 anndata==0.7.8 umap==0.5.3 numpy==1.19.5 scipy==1.5.4 pandas==1.1.5 scikit-learn==0.24.2 statsmodels==0.12.2 python-igraph==0.7.1 leidenalg==0.7.0
py38
scanpy==1.9.1 anndata==0.8.0 umap==0.5.3 numpy==1.21.5 scipy==1.7.3 pandas==1.4.3 scikit-learn==1.1.1 statsmodels==0.13.2 python-igraph==0.9.11 leidenalg==0.7.0 pynndescent==0.5.7

ref.

https://github.com/scverse/scanpy/issues/2045