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pfastq-dump的使用

pfastq-dump的使用

作者: 547可是贼帅的547 | 来源:发表于2018-05-22 01:37 被阅读39次

多核版的fastq-dump

单端:

for i in *sra; do pfastq-dump --gzip --threads 8 ./$i ; done

双端:

for i in *sra; do pfastq-dump --split-3 --gzip --threads 8 ./$i ; done

直接用sra号下载并解压fastq文件:

单端:

for i in SRR*; do pfastq-dump --gzip --threads 8 -s $i ; done

双端:

for i in SRR*; do pfastq-dump --split-3 --gzip --threads 8 -s $i ; done

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