疫苗发挥作用的基本原理其实很简单，就是让机体提前先见一次病原体（但需要保证病原体不能成功感染），机体会产生对于这种病原体的抗体以及相应的免疫记忆细胞，下一次再有同样的病原体来的时候，体内免疫系统会迅速产生更强的免疫应答来清除该病原体，从而避免病原体在宿主体内完成感染和扩增过程。所以，可以推想，疫苗的研制应该也很简单，那就是得到这个病原体，给人体注射进去就行。
然而，实际上却不是这么简单。比如，由于扩增病原体需要合适的“扩增器”，很多病原体在缺乏这种“扩增器”的情况下，难以大量获得；有一些活的病原体给人注射进去会导致人感染，所以可能需要做一些处理，比如进行减毒或者灭活处理；有一些病原体突变太快，研制出来的疫苗，很可能起不到保护作用；有一些疫苗单独使用无法激发人体产生足够强的抵抗力，这个时候还需要在疫苗里加一些其他物质（佐剂）。
对于病毒来说，当其进入人体后，体内的免疫细胞会识别病毒表面的蛋白质，通过“看清楚”病毒表面蛋白质的模样，来产生针对于它的抗体，而抗体的作用就是结合到病毒表面的蛋白质上面，来阻止病毒感染细胞。
常见的疫苗有减毒活疫苗，灭活疫苗和基因工程疫苗等。
除此之外，科学家们想到一种新的疫苗免疫策略，他们把编码病毒表面蛋白的基因放在一个载体上面，这样就能得到编码病毒表面蛋白质的质粒，这种质粒是一个环状DNA，本身没有感染性，在体外很容易大量的扩增（生产）。
当把这种质粒用合适的方法导入人体细胞后，质粒上面编码病毒表面蛋白的基因就会开始表达，从而产生大量的病毒表面蛋白，这些蛋白质会被体内免疫细胞识别到，紧接着免疫细胞就会开始不断地生产针对于这种蛋白质的抗体。由于这种抗体就是针对病毒表面蛋白质的，所以，下次有真的病毒来的时候，它一样能够阻止病毒对于宿主细胞的感染。
这种策略所对应的疫苗就是“基因疫苗”，又叫“DNA疫苗”或“核酸疫苗”，禽流感基因疫苗就是将禽流感表面蛋白质构建到合适的载体上面，然后通过一定的方法，将载体导入人体而起到预防禽流感的作用。
目前，常用的基因疫苗接种的方法主要有：直接注射法，基因枪法，鼻腔口腔黏膜接种和口服导入。
与传统疫苗（如减毒活疫苗）相比，基因疫苗的优点有：
1，不存在减毒活疫苗潜在的毒力回复所带来的危害，安全性较高；
2，可以将针对同一病原体多个抗原表位或者不同病原体的不同抗原表位构建在同一个质粒中（多价基因疫苗）；
3，制备工艺简单，易于质控，适合于大量生产，成本低廉；
4，在常温下稳定，便于储存和运输。
基因疫苗也存在一些问题：
1，质粒导入细胞的效率较低；
2，质粒导入人体细胞后，存在整合入基因组的风险（虽然风险不高），可能会导致原癌基因激活或抑癌基因失活而带来严重后果；
3，容易诱导机体产生免疫耐受（可能由于外源抗原持续表达）；
4，有可能诱导产生抗自身DNA或抗组织细胞的自身抗体。
关于这次报道的H7N9禽流感疫苗，也是依照上述策略研制。然而，构建出一个基因疫苗质粒只是万里长征第一步，通常来说，由于啮齿类动物试验结果参考价值有限，新疫苗应还需进一步在灵长类动物（如猴子）上进行有效性和安全性试验后，才能进行临床试验。而对于任何一个新疫苗而言，这个过程将会非常漫长，并且具有不确定性。所以，新闻报道使用《上海研制成功H7N9禽流感基因疫苗》这个标题是不恰当的，更为合适的说法是“取得初步进展”。
另外，目前还没有任何一个商业化的人用基因疫苗问世。
参考资料及表格来源：张延龄，张晖主编，《疫苗学》，2004年，科学出版社
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