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featureCounts报错:failed to find t

featureCounts报错:failed to find t

作者: FANHONGZENG | 来源:发表于2021-10-26 13:03 被阅读0次

在使用featureCounts比对时遇到了这样的报错:failed to find the gene identifier attribute in the 9th column of the provided GTF file.


错误

解决办法:

1.把-t参数改为CDS可能会解决(不建议)

2.把gene_id的空行删掉可完美解决

sed -i -e '/gene_id\ \"\"\;/d' GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.gtf

之后再进行featureCounts可以比对成功,比对率有80%,也还不错

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