cibersort 计算

设置好gse_id和工作目录

# 固定位置保存的脚本
source('F:\\myresearch\\biosupport\\cibersort\\Cibersort.R')

# 设置分析依赖的基础表达文件
# 每类免疫细胞的标志性基因及其表达
# 基因名字为Gene symbol
LM22.file <- "F:\\myresearch\\biosupport\\cibersort\\LM22.txt"
# 1. Cibersort
#需要修改准备好的表达矩阵的名字
TCGA_exp.file <- paste0(".\\data\\",gse_id,"_exprset_to_cibersort.txt")

TCGA_TME.results <- CIBERSORT(LM22.file ,TCGA_exp.file, perm = 50, QN = T)  
# perm置换次数=1000
# QN如果是芯片设置为T，如果是测序就设置为F
save(TCGA_TME.results,file = ".\\table\\CIBERSORT_Results_fromRcode.RData")
# write.csv(TCGA_TME.results,file = ".\\table\\CIBERSORT_Results_fromRcode.csv")
##计算后保存结果，供画图用，避免反复计算，浪费时间