问题

Per base sequence content ：理论上，ATCG碱基的分布应该差别不大，即四条线应该大致平行状态，但数据reads左端15bp仍然存在AT或CG差异超过10%，检测报告危险。

before QC

after QC: trim_galore

after QC: trimmomatic

原因

测序机器前几个碱基测序时候因为状态调整导致测序略有偏差，如果前几个碱基偏差较大，可以在后期将前几个碱基切掉。造成这个偏差较大的原因重要是由于测序数据中的adapter没有clean干净。

解决

切掉reads左端15bp，使用软件是 NGSQCToolki的Trimming/TrimmingReads.pl，命令如下:

nohup perl /path/NGSQCToolkit/Trimming/TrimmingReads.pl -i Sample_gen_20160524_GTGAAA_L001_R1.fastq  -l 15 -n 25  &

软件：====== NGS QC Toolkit ======

用于下一代测序（NGS）数据的质量控制（QC）的工具包。该工具包包括用户友好的独立工具，用于使用Illumina和Roche 454平台生成的序列数据的质量控制，并以表格和图形的详细结果，以及过滤高质量序列数据。它还包括少量其他工具，有助于NGS数据质量控制和分析。

wget http://59.163.192.90:8080/ngsqctoolkit/cgi-bin/download.pl?toolkit=NGSQCToolkit_v2.3.3.zip
unzip NGSQCToolkit_v2.3.3.zip
sudo mkdir /export/apps/ngsqctoolkit
sudo cp -r NGSQCToolkit_v2.3.3 /export/apps/ngsqctoolkit/2.3.3
sudo chmod +x /export/apps/ngsqctoolkit/2.3.3/Format-converter/*.pl
sudo chmod +x /export/apps/ngsqctoolkit/2.3.3/QC/*.pl
sudo chmod +x /export/apps/ngsqctoolkit/2.3.3/Statistics/*.pl
sudo chmod +x /export/apps/ngsqctoolkit/2.3.3/Trimming/*.pl