研究基因组加倍、WGD、古多倍化的专家列表：
人员名单来源：https://wap.sciencenet.cn/blog-3459184-1268104.html?mobile=1
- 华北理工大学/河北农业大学的王希胤教授、
- 南京农业大学引进的Yves Van de Peer教授，
- 中科院北京植物所的焦远年研究员，
- 中科院武汉植物园的石涛和陈进明研究员
- 复旦大学/宾夕法尼亚大学马红教授
一般的鉴定方法是基因组的共线性散点图和Ks,4DTv的分布来鉴定复制事件。
物种分化时间计算公式是：T=Ks/2λ
image.png
λ是碱基同义替换速率，不同物种的λ有差别。可以根据上面的公式结合www.timetree.org的物种化石分化时间来计算。选择比较物种的时候，尽量选择分化时间研究比较多的。根据timetree下面的支持文献的数量来选。研究的比较少的可能时间不准。
Helianthus annuus（向日葵）和 Coffea(咖啡)的分化时间有3个值，median time 101MYA, Adjust time 115MYA. CI: (97.5 - 107.3 MYA). 选择101MYA作为T,Ks选择的是向日葵和咖啡分开的主峰，大概是横坐标1.65的位置。λ=1.65/2/101/1000000=8.17E-9. 然后可以根据这个λ值，利用T=Ks/2λ 来计算WGD2，WGT-1，WGT-γ 的时间。但是一般情况下，都是用已报到的λ值。否则审稿人问你λ来源，不好解释。
分析工具
共线性块计算工具：MCScan/JCVI(前者的python版本);WGD;WGDI;AnchorWave (基于序列比对，不依赖基因注释)；DupGen_finder(能够区分5种复制模式)
KaKs计算工具：KaKs_caculator;ParaAT
4DTv计算：[calculate_4DTV_correction.pl 脚本]（https://github.com/chaimol/KK4D/blob/main/calculate_4DTV_correction.pl）
AnchorWave可以对没有注释的基因组进行比对，获取anchor。其他几个工具都是需要基因注释的pep和cds文件。
KK4D流程已经实现jcvi+KaKs_calcaulator+4DTv计算和可视化
结果展示
https://www.nature.com/articles/ncomms14953/figures/3
上述图片来源https://www.nature.com/articles/ncomms14953/figures/3a是dotplot，这种是jcvi绘制的。WGDI可以在绘制的时候利用Ks的值来实现区分不同时期的复制信息。原理就是把基因对和Ks的值做了映射，然后再用Ks的范围作为颜色变化范围。
WGDI的dotplot,可以控制动态范围
从这张图中可以看出经历过一次WGD.
WGDI的Ks的峰值估算
该图中可以看出只有一个主峰，peak在1.25左右，坐标的0附近和右边2.5附近的峰，都不能算作是一次加倍。0附近的Ks是其他重复造成的。可以通过dupgen_finder把复制模式分为5种，分别计算Ks，能够看出。这种不是WGD,一般是TD,PD.DSD,TRD.
Ks和4DTv的分布应该是基本一致的。Ks的一个关键点是估计峰值。这种一般是估算的，可以使用各种模型来拟合。
共线性和Ks，4DTv的可视化，峰值的估计，部分代码我放在KK4D里了。
古多倍化可以使用WGDI来分析。
图3
上图来自 https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(19)30359-4# Genetic Contribution of Paleopolyploidy to Adaptive Evolution in Angiosperms
图3中看出拟南芥先后经历了三次WGD(γ-β-α)。γ120MYA β60MYA α 50MYA
被子植物基因组经历二倍化(α)、四倍化(β)和六倍化(γ)3次古全基因组复制(WGD)事件。
图3可以清楚的看到单子叶和双子叶加倍的差异。
图4
图4来源于https://www.nature.com/articles/nrg.2017.26#ref-CR5
粗体黑色虚线反映事件日期的不确定性。用浅红色矩形表示估计在 55 MYA到 75MYA年之间的 WGD（白垩纪-古近纪边界周围的阴影区域）。大灭绝事件由阴影区域表示，边界为事件预测日期两侧 1000 万年.
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