1. 生成进化树

time qiime phylogeny align-to-tree-mafft-fasttree \
  --i-sequences rep-seqs-dada2.qza \
  --o-alignment aligned-rep-seqs.qza \
  --o-masked-alignment masked-aligned-rep-seqs.qza \
  --o-tree unrooted-tree.qza \
  --o-rooted-tree rooted-tree.qza

参数解释：
输入：代表序列rep-seqs.qza
输出：
aligned-rep-seqs.qza: 多序列比对结果
masked-aligned-rep-seqs.qza: 过滤去除高变区后的多序列比对结果
unrooted-tree.qza: 无根树
rooted-tree.qza: 有根树，用于多样性分析

2. 导出上一步生成的进化树

可以导出上一步生成的进化树，用于其它软件分析：

qiime tools export \
--input-path unrooted-tree.qza \
--output-path exported-tree 

导出结果为 exported-tree/tree.nwk ，是标准树nwk文件。