2021-03-01 

Chapter 0 

3-1-1准备工作和R语言介绍

1.什么是R

面向用户的一种编程语言，用于统计、计算及绘图，集合了许多函数。

R语言可扩展：有R包

2.Rstudio

R语言的集成开发环境

R准备好了：>

3.如何在Rstudio中新建项目R Project

1.进入R studio界面后选择打开file-new project-new dictionary-new project-设置名称-create project

判断是否成功：右上角显示名称，否则会体现Project:(None)

4.新建脚本

file-New File-R Script

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3-1-2 R语言上手必备

1.Rstudio 界面介绍

1.左上角：脚本编辑器；

2.左下角：控制台（R语言的灵魂：脚本运行和结果显示）

3.右上角：environment 环境(对象/变量列表)

history（历史命令）

4.右下角：集成窗口：文件File 图片photo

帮助help(获取函数) 包package

2.字号设置

Tools-Global Options-Appearance-Editor font size-apply

3.与R交互

1.用户-发送命令；R-执行并返回结果

#交互式会话 session

每次只打开一个session即窗口，终止时关闭

2.交互的两种方式

(1)控制台窗口（左下）：用了一次不会用第二次的

(2)脚本编辑器（左上）：有记录

脚本的运行方式：

a.逐行运行光标放在本行的任意位置

b.选中运行

快捷键：cmd+enter

3.#后面为注释

4.脚本的保存

保存➕命名 .R结尾 不要有空格及中文字符

保存位置：新建的Rproject的位置

脚本、数据、图片的默认保存位置，也是文件读取的默认位置～工作目录

5.关闭

8.work directions WD

>getwd ()反映了工作目录具体在电脑上的哪个位置～～也就是绝对路径

> getwd()

[1] "/Users/wangjingyi/Desktop/biotrainee"

Mac /

windows c:或者d:

4.R语言的几类命令响应

1.输出结果

2.报错:Error

3.警告：Warning可以忽略

4.没反应 >代表已经完成e

5.命令正在运行 没有>

中止:点红色按钮或esc

等待

6.命令不完整 出现+

补全命令或者esc退出

7.出现提示信息

检查是否有error,没有就可以忽略

8.进一步选择

[a/s/n]

课后练习

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3-1-3 向量

1.从 表格 看数据类型

gene:字符串"a"

logFC:数值型3

positive:逻辑型T F

group:因子型（有相同元素）适合分组/分类

：

数据类型：

•数值型：1.3  2

•字符型：“ ”里的为字符串  “a” “n” 单引号和双引号基本一致

•逻辑型：其他运算的返回结果

    T true，; F false;

    Na:缺失值(仅仅为缺失，不是不存在)

            Null:不存在

#判断数据类型的函数: class(), 要判断的内容写在括号里

练习-     

> class(3)

[1] "numeric"

> class(TRUE)

[1] "logical"

> class("a")

[1] "character"

报错-注意大小写、引号、括号应为英文

> class（3）---中文括号

Error: unexpected input in "class（"

尽量用光标不要用鼠标