所谓自身免疫性疾病，就是那些免疫系统攻击自身组织引起的疾病。种类极多，从你较熟悉的类风湿性关节炎，系统性红斑狼疮，肾炎，甲亢等到你不太熟悉的多发性大动脉炎，自身免疫性睾丸炎等，全身各器官系统几乎都可以发生自身免疫性疾病，实在搞不明白我们的身体怎么了？为什么免疫系统“背叛”了自己。
本来免疫系统的作用一方面是消灭从外界侵入人体的有害物质，如细菌病毒等，另一方面是清除身体内衰老或死掉的自身组织。要做到这两方面，免疫系统首先要具备“分清敌我”的能力，搞清楚哪些是对自身有益的健康的东西，哪些是有害的物质。这种能力几乎是免疫系统与生俱来的能力，因为在胚胎时期，在免疫系统形成的过程中，这种能力就已经具备了，这样的能力不太容易混乱。如果主要问题不在免疫系统，那就得从身体各个组织器官找原因了。
人身体的很多器官组织是不与免疫系统直接接触的，比如软骨，甲状腺腺泡内储存的胶样物质，睾丸内的生精上皮，细胞膜内的细胞成分，尤其是健康的活的细胞核内的成分，都是不与免疫系统接触的。另外，上皮组织也有潜在的危险，因为上皮细胞会产生一些物质，这些物质不与免疫系统接触，而且直接排到体外或空腔，脏器腔内，由于某种原因，一旦这些物质与免疫系统直接接触，就有发生自身免疫性疾病的危险。比如，外伤破坏了睾丸组织的严密性，导致免疫系统与那些不该接触的成分接触了，就会引发免疫系统攻击睾丸，导致自身免疫性睾丸炎的发生。在对甲亢患者的病因分析时，医学典籍上讲了一个很重要的信息，虽然这些典籍上并没有对他们进行探讨，只是轻描淡写的一带而过。这个信息就是很多甲亢患者在发病前都有精神紧张，激动或受过较强烈精神刺激，打击的历史。不要小看这条信息，因为它可以解释为什么自身免疫性疾病女性比男性多很多倍。另外，系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎等很多自身免疫性疾病的患者在发病前也都有巨大的精神压力和严重的精神打击的历史。
关于自身免疫性疾病确切的发病过程和发病原因，目前还是讨论不清，搞不清是先有损伤后免疫系统进一步跟进，还是先是免疫系统乱了导致自身组织的损伤。所以我们换个角度来看看这些病导的都是些什么样的损伤，有没有解决方法。这个问题就简单多了，因为几乎所有的自身免疫性疾病都是以血管炎为基础的损伤，这样的病变对于营养医学来讲，解决起来并不是难题。因为营养素尤其是蛋白质，维生素B，维生素C，钙等对于血管的修护非常有效，可以使血管炎快速消退。另外营养素也可以使免疫系统，更加正常地运转，使可能暴露的那些免疫系统接触不到的抗原尽快重新被封闭。因此，即使不清楚自身免疫性疾病的病因和发病机制，我们仍在治愈自身免疫性疾病上有很大胜算。
尽管今天的教科书把强直性脊柱炎列为自身免疫性疾病，这仍然是不恰当的，纤维化，是可以扩展的，而纤维化的形成只需要有长期慢性损伤就可以了，强直性脊柱炎不过是在慢性损伤基础上发生的纤维化，治疗如果能从两方面入手，效果会非常理想，可以治愈。一方面是消除慢性损伤，另一方面是将增生的纤维松解吸收。这两方面的治疗都有赖于营养素的支持，营养素对纤维化的治疗作用是非常巨大的。
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