2019NC

Journal: Nature Communication
时间：2019

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实验设计和方法概述。a在当前的研究中探索了三个水平的多样性：
（i）种系型，即16S rRNA基因具有约97％相似性的细菌（由16S rRNA扩增子测序研究定义），
（ii）SDP（序列离散种群） ），即系统发育型中包含的不同亚谱系，
（iii）菌株，即SDP内发生的任何基因组多样性。蜜蜂菌株可能分布的假设实例用彩色条显示。b总共对54只不同年龄和来自两个不同菌落的蜜蜂进行取样，以进行鸟枪宏基因组学分析。
在每个时间点，对每个群体的六只蜜蜂进行取样。殖民地1连续两年被抽样。在出苗后10天，22/24天和48/158天取样的蜜蜂分别被认为是“年轻”，“中年”和“老年”。9月下旬采样开始，“老”蜜蜂对应冬季蜜蜂。C解剖单个蜜蜂的内脏并进行富集细菌DNA的定制方案，然后使用Illumina对其进行鸟枪测序。同时，建立了蜂胶细菌分离株的高质量草案和完整基因组的参考数据库。宏基因组数据的下游分析基于对参考数据库的映射和从头组装。整个分析的概述流程图说明了如何整合基因组和宏基因组数据.