HTseq-2019-07-09

参考htseq-count的用法-Bluesky's blog

   在进行htseq前，要先将.bam文件用samtools sort一下：

sorted.bam文件进行htseq-count:

注意上下两个命令行注释基因格式的不同，.gtf时报错，换成.gff时则可运行

注释基因下载网址，有gtf和gff两种格式

运行结果（感觉不太对）：

上述得到的sorted和count文件已删除

又重新samtools sort了一遍（运行的时候没有动它 等程序自己介绍）：

/mnt/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace/aligned$ samtools sort -n 105TRA.bam -o 105TRA_sorted-2.bam(-n说明按name sort，若不指定，则默认按染色体位置)

rseqc-count（不敢动，等程序自己结束QAQ），-s没有设置参数，默认状态：

/mnt/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace/aligned$ htseq-count -f bam 105TRA_sorted-2.bam gencode.v31.annotation.gff3 > 105TRA-2.count

运行结果：没有报错

aligned文件夹中的文件

htseq又运行一遍，-s参数设置为no：

htseq参数设置
/mnt/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace/aligned$ htseq-count -f bam -s no 105TRA_sorted-2.bam gencode.v31.annotation.gff3 > 105TRA-2-s-no.count

结果生成105TRA-2-s-no.count文件：