官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/
image-20190619115407536
image-20190619115504685
先下载case
image-20190619115611503
image-20190619120123661
接下来下载file，现在感兴趣的是miRNAseq的表达量
image-20190619120258569
image-20190619121238597
保存文件
再改Data Type中的isoform 在点击manifest下载
image-20190619121621073
保存文件
image-20190619125209718
保存文件
manifest文件
manifest文件需要GDC工具来下载，因此去linux下载
GCD工具网址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
image-20190619125619848
image-20190619132724097
image-20190619132820223
下载的文件直接下载到原文件里，挑选0-9开头的[0-9]到新建的clinical文件夹里
mkdir clinical
mv [0-9]* clinical/
image-20190619132851195
其他文件直接下载到新建的文件夹里 -m -d的用法
./gdc-client download -m gdc_manifest.2018-08-05-LUAD-miRNA-isoform.txt -d isoform/ 1>isoform.log &
image-20190619133536184
网友评论