TCGA-302-下载数据实战

官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/

image-20190619115407536 image-20190619115504685

先下载case

image-20190619115611503 image-20190619120123661 接下来下载file，现在感兴趣的是miRNAseq的表达量 image-20190619120258569 image-20190619121238597 保存文件

再改Data Type中的isoform 在点击manifest下载

image-20190619121621073 保存文件 image-20190619125209718 保存文件 manifest文件

manifest文件需要GDC工具来下载，因此去linux下载

GCD工具网址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool

image-20190619125619848 image-20190619132724097 image-20190619132820223

下载的文件直接下载到原文件里，挑选0-9开头的[0-9]到新建的clinical文件夹里

mkdir clinical
mv [0-9]* clinical/

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其他文件直接下载到新建的文件夹里 -m -d的用法

./gdc-client download -m gdc_manifest.2018-08-05-LUAD-miRNA-isoform.txt -d isoform/ 1>isoform.log &

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