Docker虚拟机系统对于生信自学者来说，真是一个力量倍增器，建议生信爱好者优先使用，20号和22号我们举行了两场直播，介绍了docker的安装及使用，今天我将安装方法整理成文字，再次奉献给大家，希望对您的学习有所帮助！本期介绍先介绍windows Toolbox版本的安装；下一期介绍 Desktop版本的安装，敬请期待！
Docker虚拟技术
Docker的思想来自于集装箱，集装箱解决了什么问题？解决的是货物标准化问题，可以把不同的货物，互不影响地规则地摆放在一起，这样即使是水果和化学药品也能由同一条船运输了。
Docker就是类似的理念，解决的是：
1.不同的应用程序有不同的应用环境的问题。
2.头疼的生物信息软件安装问题（可直接用别人安装好软件的docker镜像）
Docker 不同版本介绍
适合安装在windows上的docker有2个版本：Docker Desktop 和 Docker Toolbox。
1. Docker Desktop：适合安装Windows版本：Win10系统Pro、Enterprise或者Education以及苹果OS 系统，特点是安装、设置、使用会更简单；持续更新。
2. Docker Toolbox：Windows所有的版本都可以安装， 但它只是一种替代方案，安装、设置、使用也会更麻烦一些，且自2018年后未曾更新过，相信将来慢慢的会被Docker Desktop取代，所以，安装Dock时，小编建议大家尽量升级自己的操作系统安装docker desktop版本。不过，目前windows10家庭版系统仍是个人电脑主流配置，所以Toolbox版安装问题仍是多数人会遇到的，所以今天先介绍Docker Toolbox版的安装。
Docker Toolbox 安装与设置
1.下载Docker Toolbox 安装包：
最新版 下载地址：
http://mirrors.aliyun.com/docker-toolbox/windows/docker-toolbox/下载最下面最新版本即可。
2.开启CPU虚拟化
在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能：https://www.omicsclass.com/article/367
3.安装
Docker安装比较简单，直接双击下载好的DockerToolbox的exe文件，然后按照默认选项执行安装，安装过程中会提示安装插件，点击同意即可。安装完成后会在桌面上生成三个图标，如下所示：
Docker toolbox 是一个工具集，它主要包含以下一些内容：
Docker Compose for Window ：是 Docker 容器编排的工具，定义和运行多容器的应用（容器间有启动顺序），可以一条命令启动多个容器，勾选
VirtualBox 虚拟机：是Oracle VM VirtualBox 虚拟机软件，相当于VMware，勾选
Kitematic for Windows(Alpha)：使用图形界面来创建、运行和管理docker，勾选
Git for Windows：一个版本控制 + bash 命令终端，如果没有安装，建议勾选，注：Docker Quickstart Terminal是Docker命令行终端
安装成功后，桌边会出现三个图标，入下图所示：
4 完成后续安装设置：
点击 Docker QuickStart 图标来启动 Docker Toolbox 终端。
启动后，docker会自动在线下载boot2docker.iso到：c:\Users\Administrator\.docker\machine\cache\ ，为节约时间我们也可以提前下载boot2docker.iso，然后手动将boot2docker.iso拷贝到路径c:\Users\Administrator\.docker\machine\cache\。（boot2docker.iso下载地址：https://github.com/boot2docker/boot2docker/releases/download/v19.03.5/boot2docker.iso ）；然后重新点击运行Docker QuickStart。
安装完成：如下图是主机终端
安装后设置
1. 镜像加速设置
docker默认的镜像仓库下载太慢，这里我们使用的阿里云的镜像加速器
首先注册阿里云账号并登录，阿里云网址：https://www.aliyun.com
然后进入容器镜像服务页面，可以输入：https://cr.console.aliyun.com/ 进入
点击“镜像加速器”，获取加速器地址
创建一台安装有Docker环境的Linux虚拟机，指定机器名称为default，同时配置Docker加速器地址。按步骤执行以下命令即可（下图可左右滑动）：
#移除默认虚拟机
docker-machine rm -ydefault
#再创建默认虚拟机
docker-machine create --engine-registry-mirror=https://koq0g34v.mirror.aliyuncs.com -d virtualbox default
#查看机器的环境配置，并配置到本地，并通过Docker客户端访问Docker服务。
docker-machine envdefault
# 再运行
eval"$(docker-machine env default)"
# 最后：查看最下面的镜像加速地址改变成你要的了么
docker info
# 然后重启default（选做）
docker-machine restartdefault
检查docker info 检查镜像设置结果：
2. 挂载windows数据到虚拟机：
先设置：到 VirtualBox 中 docker 用的那个虚拟机的共享文件夹填写好共享文件夹路径和名称。如：共享文件夹路径：d:\ 共享文件夹名称: d 然后勾选自动挂载和固定分配：
重启之后就有/d， 然后你就可以在虚拟机中看到 /d 这个目录，目录中的文件也就是 windows系统中 D:\ 中的文件：
docker run -it -v /d/gene2020:/gene2020 myimage /bin/bash
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8.其他课程链接：二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。
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