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从疾病靶点数据库构建疾病

从疾病靶点数据库构建疾病

作者: Peng_001 | 来源:发表于2020-05-02 11:46 被阅读0次

    参考:https://www.bilibili.com/video/BV1vE411c7LC/?spm_id_from=333.788.videocard.1
    up主:誉川中医药

    OMIM 数据库

    通过OMIM主页搜索相关疾病。
    https://omim.org/

    完成后将相应内容下载到本地。



    对内容进行排序和分列。需要内容为星号对应的MIM Number 对应title部分的分号后面的内容。

    drugbank

    也可以利用drugbank 对于疾病的检索搜索相关药物


    虽然drugbank 也只是提供了蛋白target,但也可以用之前TCMSP数据库处理的方法,借助uniprot数据库,获取基因靶点信息。

    genecard database

    GENECARD 数据库 https://www.genecards.org/
    类似的思路直接搜索疾病



    gene card 就已经直接写好了单独的靶点缩写和一些描述,对于后期处理非常方便。
    而且官网上对于不同的靶点也提供了相关的文章可以溯源。
    另外可以通过评分的数值来筛选靶点。(excel 操作一下)比如说大于中位数之类。(留个坑,到底怎么样的评分具备差异以值得研究)

    TTD 数据库

    http://db.idrblab.net/ttd/


    给了靶点和药物,以及相关验证的文献。

    DisGeNET 数据库

    https://www.disgenet.org/

    提供总结与证据,甚至还有突变的相关信息。相当全面了。

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