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单细胞测序——纠结的髓系细胞注释

单细胞测序——纠结的髓系细胞注释

作者: 麻花拧巴 | 来源:发表于2021-02-22 14:34 被阅读0次

    主要根据文献中的描述与方法

    髓系细胞分类

    巨噬细胞,单核细胞,DC细胞

    文献一:Single-cell landscape of the ecosystem in earlyrelapse hepatocellular carcinoma

    文献1.png

    巨噬细胞(CD163,CD68)

    巨噬细胞亚群注释

    M1和M2型注释:M1(FCGR3A)和M2(CD163)通常很难区分,一般会表达两种状态的marker gene。文献中提供的注释方法是计算M1和M2极化和抗炎促炎分数,确定M1-like和M2-like的巨噬细胞。

    单核细胞(FCN1,APOBEC3A,THBS1)

    单核细胞的注释较为随意,没有明确的名字和功能,大多参考其他文献报道注释。如:
    M-c1-THBS1 细胞: FCN1, APOBEC3A, and THBS1;
    Mono2 cluster :PRF1, GNLY, and KLRC4-KLRK1;
    *-resident Kupffer cells:MARCO;
    myeloid-derived suppressor细胞:MDSCs, CD33+;

    DC细胞(高表达HLA-DQB2,HLA-DPB1,BIRC3)

    DC1 细胞:CLEC9A,THBD(CD141);
    DC2 细胞:CD1C,CLEC10A,CD1E,而CD14,VCAN,S00A9,SELL,S100A8低表达;
    DC3 细胞:CCL19,LAMP3,CCR7;有迁移到淋巴结中的潜力


    髓系细胞注释.png
    DC 细胞的功能主要为抗原呈递相关,因此描述时经常会对比其迁移能力,与抗原呈递能力。
    AXL基因与迁移有关,计算该基因在不同DC细胞中的表达差异,来暗示不同DC亚群的迁移特征;
    LAMP3+DC根据文献报道有迁移到淋巴结中的潜力;
    MHC-II型(HLA-D*)与MHC-I(HLA-A,HLA-B,HLA-C)型基因的表达。表明不同抗原呈递过程。
    

    文献二、Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma

    文献2.png

    巨噬细胞

    该文献中对巨噬细胞的注释很模糊,方法为先给巨噬细胞自定义名称,然后再描述其可能的功能。该文献中主要是定义了一个新的DC细胞亚群,并探讨了其功能。
    M-c1-THBS1 :与MDSC(myeloid-derived suppressor cell)细胞相似的基因表达;S100A, FCN1,VCAN,低表达HLA-related genes;转录因子:BCL3,NR4A1,RXRA,TCF25.
    M-c2-C1QA:有TAM,M1,M2 三种特征;APOE,C1QA,C1QB,TREM2,SLC40A1(编码铁蛋白),GPNMB(I型跨膜糖蛋白); 转录因子:ID3,MITF,RUNX2,MAF;

    DC细胞

    cDC1:CLEC9A, XCR1, CADM1
    cDC2:CD1C, FCER1A, CLEC10A
    DC-c4-LAMP3:LAMP3, CD80, and CD83,the migration marker CCR7; and the
    lymphocyte recirculation chemokines CCL19 and CCL21;

    单核细胞描述较少

    文献三、Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of MyeloidTargeted Therapies in Colon Cancer

    文献三.png

    该文献对于髓系细胞的注释非常全面。


    髓系细胞.png
    markers.png

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