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选择TCGA的乳腺癌数据
点击done后,选择表型信息,如乳腺癌的PAM50临床分型,输入基因名称如TP53,选择表达量数据,done
每组均有高、中、低表达三种颜色,差异不大,但这并没有把正常样本过滤掉过滤正常样本:点击B和C面部之间的部分,增加一个过滤panel
在上方filter栏输入primary,剩余1101个样本
点击最后一个panel的右上角选择kmplot做TP53高低表达量的生存分析
继续在filter栏输入可进行并联筛选。
利用Xena探索PDL1启动子区域甲基化对结直肠癌预后的影响
Goltz D, Gevensleben H, Dietrich J, et al. PD-L1 (CD274) promoter methylation predicts survival in colorectal cancer patients[J]. Oncoimmunology, 2017, 6(1): e1257454.
选择TCGA-COADREAD计划,样本信息,CD274甲基化Methylation450k数据(而27K仅有2万个位点,可能对于分析来说不够),再对primary进行过滤后做生存分析。
甲基化与表达量关系:加一个CD274的表达量panel后,点击右上角view as table
调整X和Y轴,得出
CD274 ~ cg14305799(其中一个诊断特定部位的芯片)
Pearson's rhor = -0.02480 (p = 0.6344)
Spearman's rank rhorho = -0.02701 (p = 0.6046)
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