数据预处理参数帮助

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("xcms")

library(xcms)

XCMS是从质谱数据里做feature detection的包，CAMERA是对提取出来的features进行注释(annotation)的包； 

feature的定义为 a Gaussian-like chromatographic peak with unique m/z and retention time.

XCMS的包有如下几个函数:

xcmsSet()-- 用来做peak picking, 就是找色谱峰

group() -- 将不同样品间或者同一个样品内出峰时间和质谱信号相近的色谱峰简并成一个feature.

retcor() -- retention time correction. 保留时间校准，用来校准多组重复样之间的保留时间漂移(retention time shift)

fillPeaks() -- 对在某些样品中缺失的信号进行补足以方便数据处理。

至于其中的参数，去看一下xcms的文档或者在R studio的 help里面直接搜索函数名就有详尽的解释。

CAMERA的annotate() 函数就不太熟了，大意是用来标记这些features里面的同位素峰和一些多余的adducts来进一步简化。

diffreport()是用来看不同实验条件下同一个feature的信号强度差异(数据处理前对数据进行分组)。