1. Orthofinder

是看了一篇2021在NC上发表的11个非模式物种单细胞图谱，其中涉及到跨物种的一个比对方法。

Orthofinder.png
Orthofinder使用参考：https://www.jianshu.com/p/4d29d24883d2

①软件安装

#直接通过conda下载
conda install orthofinder

②数据准备

人类蛋白组：Uniport上面虽然是7w（包括duplicated），但是实际下载下来是去冗余的结果。
https://www.uniprot.org/proteomes/UP000005640
草鱼蛋白组
这两个放到一个文件夹内

③分析

orthofinder -f Dataset -S diamond

④处理

结果文件.png
结果文件是包括这些的，文章里面说找到Single-copy orthologs，那其实刚好有一个文件，但是打开之后只有前面的序列号，没有匹配好的草鱼和人的基因名称。所以还是要把总文件Orthogroups.csv和SingleCopyOrthogroups.txt匹配一下。

grep -f SingleCopyOrthogroups.txt Orthogroups.csv > SingleOrthogroup.csv

匹配的结果.png

但是第三列还是不是干净的人类的基因名称，同时删除第一列

less -S SingleOrthogroup.csv | cut -d '|' -f 3 |cut -d '_' -f 1 > name.txt
less -S SingleOrthogroup.csv | cut -f 2 >gene.txt
paste gene.txt name.txt > human_grasscarp_orthofinder.txt

最后得到的结果.png