本题考查对《刑事诉讼法》第16条的灵活应用，具体考查对“显、时、特、告、死”的理解。
A项，解题关键词是“400余元”、“撤销案件”。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》规定，盗窃公私财物价值一千元以上的，才能构成盗窃罪。本案中，立案后侦查阶段发现涉案金额400元不足以追究刑事责任，属于情节“显”著轻微、危害不大、不认为是犯罪的情况，故公安机关撤销案件是正确的。
B项，解题关键词是“犯罪情节轻微”、“不起诉”。因《刑事诉讼法》第16条之原因而不起诉属于法定不起诉制度。B项属于《刑事诉讼法》第177条第2款规定的情形，即“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”该条文属于酌定不起诉制度。在我国的不起诉制度中，法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉之间是平行并列关系，而非包含与被包含的关系。因此，B项不属于法定不起诉，即不属于《刑事诉讼法》第16条规定的法定情形不追究刑事责任原则。B错误。
C项，解题关键词是“不具有非法占有他人财物的目的”、“无罪判决”。“主观上不具有非法占有他人财物的目的”意味着，被告人没有犯罪故意，主观方面没有罪过，根本不存在犯罪行为。《刑事诉讼法》第16条规定的情形主要包括：“显、时、特、告、死”，但不包含“没有犯罪事实或者行为”的情形。可见，C错误。
D项，解题关键词是“证据不足”、“不起诉”。因《刑事诉讼法》第16条之原因而不起诉属于法定不起诉制度。D项属于《刑事诉讼法》第175条第4款规定的情形，即“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”该条文属于存疑不起诉（证据不足不起诉）制度。法定不起诉制度与存疑不起诉制度属于平行关系，故D项不属于法定不起诉制度，即不属于《刑事诉讼法》第16条规定的法定情形不追究刑事责任原则。D错误。
综上所述，本题应当选A。
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