超容易的画局部连锁图、局部共线性图的方法

原创： 胖丫 小麦研究联盟 3天前

超容易的画局部连锁图、局部共线性图的方法

最近听一个硕士师妹讲了一个比较巧合的事情。

师妹硕士毕业进公司成了生信分析员。2年之后辞职打算考博。

初试过了，去面试，一共有10个人。大家按顺序讲讲自己做了啥。

当其中某一个应聘者讲ppt时，她发现里边的几张图很熟悉。

当时她没反应过来，以为就是相似而已。后头一查发现，这些图就来自她接的项目。

就是她曾经服务的客户，现在竟然出现在同一个面试场合。

几天后，一个令她心塞的结果出现，她的客户竟然被选上了。这其中还有她的“助攻”。

有时候不得不说，现实生活比导演还牛逼。

不过，师妹最终还是找到了一个好归宿。

对，就是归宿，因为她不仅考取了理想的读博单位，在那里还遇到了另一半。

这期内容比较干，所以拿师妹这事来说一说。

咱们言归那个正传。

这里只是画局部区间的连锁图。凡是基于位置的图都可以用这种方法画。

工具就是excel、ppt，每台电脑上都应该有吧。

常年接触连锁作图的人可能会知道MapDraw,一个基于excel绘制连锁图的宏脚本。

用它画出的图差不多如下图所示。

image-20191101210902494

张军利师兄17年的时候将它改造了下，这样可以画 interval和absolute的遗传图（如上图）。这是军利师兄的github地址（https://github.com/pinbo/MapDrawJZ），下载就好。

用微软excel打开会询问你是否启用宏，选择同意即可。

image-20191101211323141

输入格式如下所示。两列即可，第一列是遗传距离，第二列是标记名字。输入确认无误之后，点击红色箭头所示的DrawMap。

image-20191101211602449

然后会弹出如下所示的内容。注意明白红线标出的参数含义，这决定最后画出的遗传图是否美观。

image-20191101211749503

挤

是不是感觉有点挤，将第一个参数调成15试试。

还是有点挤

调整25呢？

这下好了

在excel中选中之后，复制到ppt里，然后就可以魔改这张遗传图的任何元素了。

先选中，然后“排列”，然后“取消组合”。

在排列下拉表里

红色字体加粗

水平翻转

旋转90度

添加QTL

横过来

丑

巨丑（忽略我放荡不羁的配色吧）

关于形状，ppt里选中目标形状，然后右键会有个“编辑顶点”，选择之后可以任意调整形状。

今天到此为止了。此文重在给那些暂时不会用R、python等画图的一个参考吧，重在打开思路，请大家忽略这巨丑的图片。配色啥的请参考发表的文章。要想画一幅好图，还是需要花功夫的。

听说隔壁的TBtools（https://github.com/CJ-Chen/TBtools）也能画。

参考：

https://github.com/pinbo/MapDrawJZ

刘仁虎，孟金陵 (2003) MapDraw，在Excel中绘制遗传连锁图的宏。遗传, 25(3): 317-321