【吐槽】 廉颇老矣，尚能饭否？--记录一个坑坑

前言

生信中达到某一个目的有很多方法，如果我是一个小白，我会首先想一下自己该怎么解决，再搜索有没有相同的问题，或者记录自己的问题。
遇到别人的经验贴就记录下来，不同的方法解决同一个问题，最后，等到我积累足够多的经验就知道那一种最适合我。
要敢于尝试和比较不同的方法，要力求一次达到目的！！！
今天翻以前看别人的笔记，突然想吐槽~
还有后续，懒得记录啦~

记住：罗马不是一天建成的~

情景一：计算染色体长度

1.获取染色体长度（基因家族分析需要）：这是我在公众号看到的方法，两步~既然有这么优秀的软件，就不要给自己找麻烦啦

pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ samtools faidx watermelon_v1.genome 
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk '{print $1"\t"$2}' watermelon_v1.genome.fai |head
Chr1    34083085
Chr2    34414252
Chr3    28939167
Chr4    24315960
Chr5    33714806
Chr6    27018480
Chr7    31477646
Chr8    26149438
Chr9    34986854
Chr10   28419553

2.某次看到的方法（伏笔人设，详见我的总结帖）：一个个计算，要是有一百条也是爽歪歪

pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ sed -n 2p watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34083086
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ sed -n 4p watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34414253
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk 'NR==2 { print $0 }' watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34083086
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk 'NR==4 { print $0 }' watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34414253

情景二：得到bed文件

1.我利用awk的提取方法，我以前觉得gft、gff3的文件格式很复杂，现在看觉得是很有规律啦~

pengzw@super-server:~/reference/phytozome/at$ awk -F "[= \t]" '$3 == "gene" {print$1"\t"$4"\t"$5"\t"$11}' Athaliana_167_TAIR10.gene.gff3|head -n 5
Chr1    3631    5899    AT1G01010
Chr1    5928    8737    AT1G01020
Chr1    11649   13714   AT1G01030
Chr1    23146   31227   AT1G01040
Chr1    31170   33153   AT1G01050

2.一言难尽的方法，我实在是没耐心解读~genefamily.bed

pengzw@super-server:~$ genefamily = sorted.myb
pengzw@super-server:~$sort $genefamily | join -t $ '\t' -o 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 -1 4 -2 1 clpromoter.gff - | sort --version -sort > $genefamily.bed

学习心得

我也遇到很多坑，但是我从来不会做伸手党，被坑了，下一次我只会找更多更好的方法解决同一个问题，不论问题多么简单。
不要以为自己的命令行多复杂就显得自己多厉害，呵呵呵呵，伏笔人设的垃圾作为~我生信学习路上的遇到的自视甚高的人~
废话那么多，就是想说见多识广，不要被局限在一个小框框里。