lncRNA保守性分析

lncRNA保守性分析

    lncRNA是非编码RNA，许多lncRNA位于基因间区，独立成为一个基因。在千百万年的进化中，并未消失。说明他们虽不通过编码蛋白发挥作用，可以发挥别的功能。神奇的是，许多lncRNA是物种保守的，说明其功能不是偶然的。

​   做lncRNA测序芯片筛选到很多差异表达的lncRNA。我们在挑选lncRNA的时候可以从保守的角度来考虑，多物种保守性强的lncRNA可能发挥重要的功能。

    我们对lncRNA的保守性进行分析，得到lncRNA的保守性得分，超保守的区域得分。以辅助老师挑选lncRNA进行研究。可以得到结果如下图：

(1)lncRNA_id:lncRNA编号；(2)chrom:染色体编号；(3)start:起始位置；(4)end:终止位置；(5)position:比对到染色体上的具体位置；(6)phastcons_average_score:phastcons平均得分；(7)length:长度；(8)max_score_position_window:最大得分区域；(9)max_score_window:lncRNA编号；(10)score_for_base:lncRNA编号；

    然后，对lncRNA的保守性绘制频率图，如下。可以发现，大部分lncRNA的保守性较低，少部分较高（接近1）。

有需要做lncRNA保守性分析的可以找我们。另外，保守性分析用处很广，比如circRNA的保守性，circRNA-miRNA结合位点的保守性，lncRNA-miRNA结合位点的保守性等。只要是RNA序列，区段皆可考虑其保守性。

    如分析mRNA与miRNA结合位点的Targetscan数据库就考虑了miRNA的保守性，miRNA-mRNA的结合位点的保守性等。