顷之，颎国令上颎阴事，称其子表仁谓颎曰：“司马仲达初托疾不朝，遂有天下。公今遇此，焉知非福！”于是上大怒，囚颎于内史省而鞫之。宪司复奏沙门真觉尝谓颎云：“明年国有大丧。”尼令晖复云：“十七、十八年，皇帝有大厄，十九年不可过。”上闻而益怒，顾谓群臣曰：“帝王岂可力求！孔子以大圣之才，犹不得天下。颎与子言，自比晋帝，此何心乎！”有司请斩之。上曰：“去年杀虞庆则，今兹斩王世积，如更诛颎，天下其谓我何！”于是除名为民。
独孤皇后生性妒忌，后宫的妃嫔宫女都不敢进御侍夜。原北周尉迟迥的孙女非常漂亮，过去被籍没入宫，隋文帝在仁寿宫见到她后非常喜欢，因此得到文帝的宠幸。独孤皇后趁隋文帝坐朝听政的时候，暗中派人杀害她，文帝大为愤怒，单骑从皇宫后苑出门，也不走正路，进入山谷中二十余里。高颎、杨素等人驰骑追上，拦住马苦苦劝谏。隋文帝叹息道：“朕贵为天子，竟如此不得自由！”高颎说：“陛下怎么能由于一个妇人而看轻天下？”于是文帝心中的怒气稍有缓和，立马长久，一直到半夜才回到宫中。独孤皇后也一直坐在寝宫内等候文帝，文帝回来后，皇后涕泪交流，拜谢请罪，高颎、杨素等人又好言劝解，于是隋文帝才高兴起来，置酒设宴欢乐。以前，独孤皇后由于高颎是父亲独孤信的家客，对他很客气礼敬，这件事发生后，得悉高颎称自己为一妇人，因此怨恨他。
当时皇太子杨勇失去隋文帝的宠爱，文帝暗地里起废立的念头，曾经从容地对高颎说：“有神告诉晋王杨广的妃子，说晋王必定享有天下，你说该怎么办？”高颎长跪不起，回答说：“长幼有序，怎么可以废黜太子？”独孤皇后知道高颎在废立问题上肯定不会曲意赞成，于是暗中打算把他赶出朝廷。
恰好隋文帝下令挑选东宫卫士到皇宫上台值班宿卫，高颎上奏说：“如果陛下把强壮的卫士都选走，恐怕东宫的宿卫力量太弱。”文帝脸色大变说：“朕时常出外巡幸，所以宿卫之士必须要壮勇强健。而太子只需要安坐东宫培养仁德，左右那里用得着壮士缩卫！所以在东宫保持强大的警卫力量是极大的弊政。卫士中合朕意的，经常在轮换当值交接的那天，分配前去宿卫东宫，如此则两宫宿卫合为一体，难道不是件好事情？朕十分熟悉前代各种制度的得失，你不必请求仍然沿袭传统的作法。”因为高颎的儿子高表仁娶太子杨勇的女儿，所以文帝用这些话提醒他。
高颎夫人去世，独孤皇后对隋文帝说：“高仆射已经老了，又丧夫人，陛下怎能不为他再娶一房继室？”文帝把皇后的话转告高颎。高颎凄然泪下，感谢说：“臣已经年迈，退朝以后，只是斋居诵读佛经而已，虽然陛下如此深深地哀怜我，但是说到再娶，实非臣所愿。”于是文帝只好作罢。随后不久高颎的爱妾生下一个儿子，文帝听说后非常高兴，而皇后却很不愉快。文帝问她其中缘故，皇后说：“陛下还能再相信高颎吗？开始时，陛下打算为高颎迎娶继室，而由于心里装着爱妾，于是当面欺哄陛下，说他不愿再娶。如今他的欺诈已经暴露，陛下怎么能再信任他？”文帝因此开始疏远高颎。
隋文帝决定讨伐高丽时，高颎曾一再进谏，文帝没有听从。及至出师无功，独孤皇后又对文帝说：“高颎一开始就不愿意出征，陛下强派他前往，臣妾知道他一定不会成功。”另外，文帝由于元帅汉王杨谅年少，把所有军务都委任高颎，而高颎也因为文帝对他寄以厚望，所以常怀有至公守正之心，没有产生过自避嫌疑的念头，对杨谅的话多不听从。于是杨谅十分痛恨高颎，及至回到长安，痛哭流涕对皇后说：“臣幸亏没有被高颎杀掉。”文帝知道后，心中愈发愤愤不平。
及至高颎领军攻打突厥，大军追击越过白道，谋划进一步深入大漠之中，于是派人向朝廷请求增兵，隋文帝左右近臣据此说高颎图谋造反。文帝还没答复，而高颎已打败突厥而班师还朝。及至前凉州总管王世积被朝廷处死，在审问的时候，有一些宫禁中的事情，王世积说是从高颎那里得知的，文帝大吃一惊。有关职掌官吏又上奏说：“高颎和左右卫大将军元、元胄，都与王世积交结往来，并接受王世积赠送的名马。”于是元旻、元胄都被朝廷罢免官职。上柱国贺若弼、吴州总管宇文弼、刑部尚书薛胄、民部尚书斛律孝卿、兵部尚书柳述等人都上奏申明高颎无罪，可是文帝更加发怒，下令将他们都交付执法官吏问罪，因此百官群臣没有人再敢为高颎说情。秋季，八月癸卯（初十），高颎被罢免上柱国、尚书左仆射官职，以齐公归家闲居。
不久，隋文帝驾幸秦王杨俊的府第，召高颎在宴会上作陪。高颎见到文帝后欷不已，悲不自胜，独孤皇后也当着高颎的面泫然落泪。文帝对高颎说：“朕不负你，这是你自作自受。”文帝因此对左右侍臣们说：“朕对待高颎胜过自己的亲生儿子，即使不见他的面，他也好象常在我的眼前。自从他解官离职以后，朕就把他完全遗忘，好像从来也没有过高颎这个人。所以，做人臣的不能要挟君主，自认为是天下第一。”
没多久，齐公高颎的国令上言告发高颎秘事，称高颎的儿子高表仁对高颎说“曹魏时太傅司马仲达起初借口有病不入宫朝见，后来遂夺取天下。您如今也有此遭遇，又怎知道这不是将来洪福齐天的征兆？”隋文帝异常愤怒，下令把高颎囚禁在内史省，进行审问。执法部门又上奏说佛门真觉禅师曾经对高颎说：“明年国家有大丧。”尼姑令晖也对高颎说：“开皇十七、十八年，皇帝有大难，十九年则过不去。”文帝知道后愈加怒不可遏，对百官群臣说：“帝王难道是可力求而得的吗？孔子以大圣之才，还不能得天下。高颎和他儿子的谈话，自比西晋宣帝司马懿，这是居心何在？”有关职掌官吏请求将高颎斩首，文帝说：“朕去年杀了虞庆则，今年又斩王世积，如果再诛戮高颎，天下人会怎么看朕呢？”于是下令将高颎除名为民。
高颎刚担任尚书左仆射时，他的母亲告诫他说：“你现在富贵已极，但不要忘了还有掉脑袋的危险，你可要处处小心谨慎！”因此高颎时常担心发生灾祸。现在得以保全性命，高颎很高兴而没有怨恨。以前，国子祭酒元善曾对文帝说：“杨素粗疏，苏威懦弱，元胄、元之流就好象鸭子，随波逐流。可以托付国事的只有高颎一人。”文帝起初也认为他说得很对。及至高颎获罪，文帝狠狠地责备元善，元善忧惧而死。
九月，隋朝任命太常寺卿牛弘为吏部尚书。牛弘主持选拔官吏时先德行而后文才，十分谨慎，虽然导致对官吏的除授缓慢，但是所进用的官吏大都能称职。吏部侍郎高孝基有鉴赏之才，机敏明察，清廉谨慎无人可比，可惜太过于豪爽俊逸，反使人觉得他有些轻薄不端，当时的大臣多因此对他有些疑虑；唯有牛弘最了解他，对他诚心任用。整个隋朝的选举，此时做得最好，最能获得人才，当时舆论更加佩服牛弘有远见卓识和涵养度量。
冬季，十月甲午（初二），隋朝册封突厥突利可汗为意利珍豆启民可汗，汉语的意思是“意志智慧强健”。突厥部落归附启民可汗的男女百姓达一万多人，文帝命令长孙晟率军五万人，在朔州修建大利城，以安置突厥降人。当时隋安义公主已经去世，文帝又派遣长孙晟持节护送宗女义成公主嫁给启民可汗。
长孙晟上奏说：“突利可汗染干部落，百姓归附的越来越多，虽然让他们居住在长城以内，但还是遭到都蓝可汗雍虞闾的侵扰抄掠，没法安定地生活。请求将他们迁徙到五原地区，以黄河作为天然屏障，在夏、胜两州之间，东西都到黄河，南北相隔四百里，挖掘横向壕沟，让突厥人居住在里面，使他们任意畜牧。”隋文帝听从他的建议。
隋文帝又命令上柱国赵仲卿屯兵两万为启民可汗防御突厥达头可汗，代州总管韩洪等人率步骑一万人镇守恒安。达头可汗率领骑兵十万来入侵，韩洪军队大败，赵仲卿从乐宁镇率军截击达头军队，斩首一千余级。
隋文帝派遣越公杨素率军从灵州出塞，行军总管韩率僧寿率军从庆州出塞，大平公史万岁率军从燕州出塞，大将军武威人姚辩率军从河州出塞，攻打突厥都蓝可汗。隋军还没有出塞，十二月乙未（初四），都蓝可汗被部下杀死，达头可汗自立为步迦大可汗，突厥国内大乱。长孙晟对文帝说：“如今官军已逼近突厥边境，并且取得数次胜利。敌国内部分崩离析，可汗被杀，如果乘机前去招抚，突厥部落会全部降附。请求派遣启民可汗染干的部下分道去招抚慰问。”文帝听从他的建议。突厥部落很多归附隋朝。
春季，二月，熙州人李英林率众造反。三月，辛卯（初二），隋文帝任命扬州总管司马河内人张衡为行军总管，统帅步兵、骑兵共计五万人讨伐李英林，予以平定。
贺若弼又获罪而被捕入狱。隋文帝列举他的罪状说：“你有三个太过：一、嫉妒心太强；二、自以为是、贬抑别人；三、目无尊上。”但不久文帝就释放他。一天，文帝对侍臣说：“贺若弼在即将讨伐陈国的时候，对高颎说：‘陈叔宝一定要被平灭，皇帝不就会做飞鸟灭绝、良弓收藏起来的事吗？’高颎说：‘绝不会这样。’在平定陈国之后，贺若弼就急忙索要内史令，又索要仆射等官职。臣对高颎说：‘功臣是应当授以勋官的，但是不能干预朝政。’贺若弼后来对高颎说：‘皇太子和臣之间，无论什么机密，都无所不言，言无不尽。您为什么不来依靠我的势力，何必不吐实呢？’贺若弼早就想谋取广陵，还想谋取荆州，这两地都是适于作乱的地方。这个意图他一直没有改变。”
夏季，四月，壬戌（初四），突厥达头可汗率军侵犯隋帝国的边境。隋文帝颁下诏书，命令晋王杨广、大将杨素率兵出灵武道，汉王杨谅、大将史万岁率兵出马邑道，阻击突厥军队的入侵。
长孙晟统帅着归降的军队，被任命为秦州行军总管，受晋王杨广节制。长孙晟认为突厥人饮用泉水，可以在水中投毒，于是就在泉水上游投毒。突厥人与牲畜饮水后很多被毒死，他们大惊失措地说：“天降恶水，天要亡我们了！”于是连夜逃走。长孙晟率军追杀，斩敌首级一千余。
史万岁率军出边塞，行至大斤山，与突厥军相遇。达头可汗派遣使者询问：“隋朝大将是哪位？”隋军候骑报道：“史万岁！”使者又问：“莫不是当年威震敦煌的那个配军？”候骑回答：“是的。”达头可汗惧怕史万岁的威名引军退去。史万岁率军纵马飞驰追杀一百多里，大破突厥军，斩敌首级几千余，并追击败兵，进入沙漠几百里，直到突厥军逃远才还师。文帝下诏书派遣长孙晟再返回大利城任职，安抚新归附的百姓。
不久，达头可汗又派他的侄子俟利伐从沙漠东面攻打启民可汗。隋文帝再次发兵协助启民可汗防守军事要道。俟利伐只得退入沙漠。启民可汗向隋文帝上表陈谢说：“大隋圣人可汗怜惜百姓，您的恩德犹如天无不覆、地无不载一样。染干得到您的恩惠，如枯树长出新叶，枯骨长出新肉一样，愿意千世万代，永远为大隋牧养牛马。”文帝又派遣赵仲卿为启民可汗修筑金河、定襄两座城池。
秦孝王杨俊久病而不能起，他派遣使者向隋文帝上表陈谢。文帝对他派来的使者说：“朕竭尽全力创下此大业，制定典章制度颁布下来作为人们遵守的准则，期望臣下都要遵守。你作为我的儿子反而要败坏它，朕不知如何责罚你！”杨俊既羞愧又恐惧，病势愈加沉重。于是文帝再次授杨俊为上柱国。六月，丁丑（二十日），秦孝王杨俊去世。文帝得讯哭几声也就作罢。杨俊生前所制做的奢侈华丽的物品，文帝命令全部烧毁。王府内的官吏们请求为杨俊立碑，文帝说：“要是追求名节，一卷史书就足够，何必用碑呢？若子孙们不能保持家业，碑岂不白白地给人家作镇石了吗！”杨俊的儿子杨浩是崔王妃所生，另一个儿子杨湛是妾所生。群臣为迎合文帝的旨意，便奏请说：“汉代栗姬的儿子刘荣，郭皇后的儿子刘疆都因其母获罪而被废黜。如今杨俊两个儿子的母亲也都犯罪，所以他们也不应该作为继承人。”文帝听从他们的意见，以秦孝王封国内的官员为丧主主持祭祀。
当初，隋文帝让太子杨勇参与决策军国政事，他经常提出批评建议，文帝都采纳。杨勇性情宽厚，直率热情，平易近人，无弄虚作假的品行。文帝本性崇尚节俭，杨勇曾经在已经很精美华丽的蜀地出的铠甲上再加装饰，文帝看到后很不高兴，他告诫杨勇说：“自古以来帝王无一喜好奢侈而能长久的，你作为皇位继承人，应当以节俭为先，这样才能承继宗庙。朕过去的衣服，都各留一件，时常取出它们观看以告诫自己。恐怕你已经以当今皇太子自居而忘却过去的事情，因此朕赐给你一把朕旧时所佩带的刀，一盒你旧日为上士时常常吃的腌菜。要是你还能记得以前的事，你就应该懂得朕的良苦用心。”
后来到了冬至，百官都去见杨勇，杨勇排列乐队接受百官的祝贺。文帝知道这件事，就问朝臣：“最近听说冬至那天朝廷内外百官都去朝见太子，这是什么礼法？”太常少卿辛回答：“百官到东宫，是祝贺，不能说是朝见。”文帝说：“祝贺的人应该三五十人，随意各自去，为什么由有关部门召集，一时间百官都集中起来同去？太子身穿礼服奏乐来接待百官，能这样吗？”于是文帝下诏说：“礼法有等级差别，君臣之间不能混杂。皇太子虽然是皇帝的继承人，但从礼义上讲也是臣子，各地方长官在冬至节来朝贺，进献自己辖地的特产，但另外给皇太子上贡，这就不符合典章制度，应该全部停止。”从此，文帝对杨勇的恩宠开始衰落，渐渐有猜疑和戒心。
杨勇有很多姬妾，他对昭训云氏尤其宠爱。杨勇的妃子元氏不得宠，突然得心疾，两天就死了。独孤皇后认为这里还有别的缘故，对杨勇很是责备。此后，云昭训总揽东宫内的事务，她生长宁王杨俨、平原王杨裕、安成王杨筠；高良娣生安平王杨嶷、襄城王杨恪；王良媛生高阳王杨该、建安王杨韶；成姬生颍川王杨煚；其他的宫人生杨孝实、杨孝范。独孤皇后更加不高兴，经常派人来窥伺探查，找杨勇的过失和罪过。
晋王杨广了解这件事后就更加伪装自己，他只和萧妃住在一起，对后宫所生子女都不去抚育，独孤皇后因此多次称赞杨广有德行。朝廷中执掌朝政的重臣，杨广都尽心竭力地与他们结交。文帝和独孤皇后每次派身边的人到杨广的住处，无论来人的地位高低，杨广必定和萧妃一起在门口迎接，为来人摆设盛宴，并厚赠礼品。于是来往的奴婢仆人没有不称颂杨广为人仁爱贤孝的。文帝与独孤皇后曾经驾临杨广的府第，杨广将他的美姬都藏到别的房间里，只留下年老貌丑之人身着没有文饰的衣服来服侍伺侯。房间里的屏帐都改用朴素的幔帐，断绝琴瑟丝弦，不让拂去上面的灰尘。文帝看到这种情况，以为杨广不爱好声色，返回皇宫后，告诉侍臣这一情况。他感到非常高兴，侍臣们也都向文帝祝贺。从此，文帝喜爱杨广超出别的儿子。
文帝命令善于看相的来和暗中把他的儿子们都看一遍，来和回答：“晋王杨广眉上有双骨隆起，贵不可言。”文帝又问上仪同三司韦鼎：“我这些儿子，哪个可以继承皇位？”韦鼎回答：“陛下和皇后最喜爱的儿子应当继承皇位，这不是我敢预知的。”文帝笑道：“你不肯明说呀！”
晋王杨广容貌俊美，举止优雅，性情聪颖机敏，性格深沉持重，喜好学习，擅长作文章，对朝中之士恭敬结交，待人非常礼貌谦卑，因此他的声誉很盛，高于文帝其他的儿子。
杨广被任命为扬州总管，去朝见文帝，将要返回扬州，他进皇宫向独孤皇后辞行，跪在地上流泪，独孤皇后也潸然泪下。杨广说：“我性情见识愚笨低下，常常顾念平时兄弟之间的感情，不知什么地方得罪皇太子，他常常满怀怒气，想对我诬陷杀害。我常常恐惧谗言出于亲人之口、酒具食器中被投入毒药的事情发生，因此我非常忧虑，念念在心，忧惧遭到危亡的命运。”独孤皇后气忿地说：“地伐越发让人无法忍受。我给他娶元氏的女儿，他竟然不以夫妇之礼对待元氏，却特别宠爱阿云，使元氏生下这么多猪狗一般的儿子。先前，儿媳妇元氏被毒害而死，我也不能特别地追究此事。为什么他对你又生出如此念头！我还活着，他就如此！我死后，他就该残害你们了！我每每想到东宫皇太子竟然没有正室，在你们皇父百年之后，让你们兄弟几个跪拜问候阿云儿，这是多么痛苦的事啊！”杨广又跪在地上，呜咽不止，独孤皇后也悲伤得不能自抑。从此独孤皇后下决心要废掉杨勇而立杨广为太子。
杨广与安州总管宇文述素来要好，他想拉拢宇文述，于是奏请任命宇文述为寿州刺史。杨广尤其亲近信任总管司马张衡，张衡为杨广筹划谋取皇太子地位。杨广向宇文述请教计策，宇文述说：“皇太子失去皇帝的喜爱已经很久，杨勇的德行不为天下人所了解。大王以仁孝著称，才能盖世，您几次被任命为统帅军队的将领，屡建大功；皇帝与皇后都对您非常钟爱，四海之内的声望，实际上已为大王所有。但是太子的废立是国家大事，而我处在你们父子骨肉之间，实在不好谋划。然而能使皇帝改变主意的人只有杨素，能与杨素商量筹划的人只有他弟弟杨约。我很了解杨约，请您派我去京师，与杨约相见，一起筹划这件事。”杨广非常高兴，送给宇文述许多金宝，资助他入关进京。
杨约当时是大理少卿，杨素凡是要做什么事，都先和杨约商量后再做。宇文述邀请杨约，陈设许多玩物器皿，和他一起畅饮，一起赌博。每次宇文述都装作下输了，把杨广所送的金宝都输给杨约。杨约得到很多金宝，就向宇文述略表谢意。宇文述就说：“这些金宝是晋王杨广的赏赐，让我与你一起玩乐的。”杨约大吃一惊，说：“为什么？”宇文述就转达杨广的意思，劝说杨约：“恪守常规固然是人臣的本份，但是违反常规以符合道义，也是明智之人的期望。自古的贤人君子，没有不关注世情以避免祸患的。你们兄弟功名盖世，执掌大权有多年了，朝臣中被您家侮辱的人数得清吗？还有，皇太子往往想做的事而不能做到，常常切齿痛恨当政的大臣；您虽然主动地结好于皇上，但是要危害您的人本来就很多啊！皇上一旦弃群臣而去，您又靠谁来庇护呢？现在皇太子不为皇后所喜爱，皇上平素就有废黜皇太子的意思，这您是知道的。现在要是请皇上立晋王杨广为太子，那就全凭您哥哥的嘴了。要是真能在这时建立大功，晋王必定永远将这事铭记心中，这样您就可以去掉累卵之危，而地位象泰山一样的安全稳固。”杨约深以为然，就将此话告诉杨素。杨素听了，非常高兴，拍着手说：“我的智慧思虑远远达不到这儿，全仗你启发我。”杨约知道他的计策成功，又对杨素说：“现在皇后的建议，皇帝无不采纳。应当趁机会早早自动结交依靠皇后，就会长久地保住荣华富贵，并传给子孙后代。兄长若是迟疑，一旦情况发生变化，太子执掌朝政，恐怕灾祸很快就要临头了！”杨素听从杨约的话。
过了几天，杨素进入皇宫侍奉宴会，他婉转地说：“晋王杨广孝悌恭俭，象他父亲一样。”用此话来揣摩独孤皇后的意思。独孤皇后流着泪说：“您的话说得对！我儿子阿𡡉（杨广）非常孝敬友爱，每次听到皇上和我派宫内的使者去，必定亲自远迎；说到远离双亲，没有一次不落泪的。还有他的妻子也很令人怜爱，我派婢女去她那里，她常与婢女同寝共食，哪象地伐（杨勇）和阿云面对面地对坐，整天沉溺于酒宴，亲近小人，猜疑防备骨肉至亲！所以我愈加爱怜阿𡡉，常常怕地伐（杨勇）将他暗害。”杨素已经了解皇后的意思，因此就竭力地说太子杨勇不成器，于是皇后就给杨素财物，让他辅佐文帝进行废立太子之事。
杨勇非常清楚这个阴谋，感到忧虑恐惧，但是想不出办法来。他让新丰人王辅贤制做巫术诅咒之物，又在其府邸后园建造一个平民村，村里的房屋低矮简陋，杨勇时常在其中睡觉休息，他身穿布衣，铺着草褥子，希望以此来避灾。文帝知道杨勇为此不安，在仁寿宫派杨素去观察杨勇的行为。杨素到了东宫，停住不进，杨勇换好衣服等待杨素进来，杨素故意很久不进门，以此激怒杨勇；杨勇怀恨杨素，并在言行上表现出来。杨素回去报告：“杨勇怨恨，恐怕会发生变故。希望陛下多多防备观察。”文帝听了杨素的谗言和诋毁之词，对杨勇更加猜疑。独孤皇后又派人暗中探察东宫，细碎琐事都上报给文帝，依据诬陷之词而构成杨勇的罪状。
于是文帝就对杨勇疏远、猜忌，竟然在玄武门到至德门之间的路上，派人观察杨勇的动静，事无巨细都要随时上报。另外，东宫值宿警卫侍官以上的，名册都令归属各个卫府管辖，勇猛矫健的人都要调走。左卫率苏孝慈被调出任命为淅州刺史，杨勇愈加不高兴。太史令袁充对文帝说：“臣观察天象，皇太子应当废黜。”文帝说：“玄象出现很久了，群臣不敢说啊。”袁充是袁君正的儿子。
晋王杨广又命令姑臧人督王府军事段达私下贿赂东宫受宠信的官吏姬威，让他暗中观察太子的动静，密报给杨素。于是朝廷内外到处是对杨勇的议论诽谤，天天可以听到杨勇的罪过。段达趁机威胁姬威说：“东宫的过失，皇上都知道了。我已得到密诏，一定要废黜太子。你要是能告发杨勇的过失，就会大富大贵！”姬威答应，随即就上书告发杨勇。
秋季，九月，壬子（二十六日），文帝从仁寿宫归来，第二天到大兴殿，他对侍臣说：“朕刚返回京师，应该是开怀畅饮寻求欢乐，不知为什么变得抑郁愁闷？”吏部尚书牛弘回答：“是臣等不称职，使陛下忧愁劳累。”文帝已经多次听到对杨勇的诬陷诋毁，怀疑朝臣们都知道，因此向朝臣们发问，希望听到太子的过失。牛弘的回答不合文帝的意思，于是文帝脸色一变，对东宫的官吏僚属说：“仁寿宫离这里不远，但是朕每次返回京师都得严格准备仪仗保卫，就象进入敌国一样。朕因为拉肚子，不敢脱衣服睡觉，昨天夜里要上厕所，因为在后边的房间恐怕有紧急之事，就返回前殿居住。难道不是你们这些人要危害我的家国吗！”于是把太子左庶子唐令则等几个人抓起来交付有关部门进行审讯，命令杨素把东宫的情况告诉近臣。
于是杨素就公开地说：“臣奉旨到京师，命令皇太子查核刘居士的余党。太子接到诏书，脸色大变，表情非常愤怒，他对我说：‘刘居士的余党都已伏法，让我到哪里去追究呢？你作为右仆射，责任不轻，你自己去查核此事吧，关我什么事！’又说：‘过去的禅让大事要是不顺利，我先得被杀，如今父亲作了天子，居然让我还不如几个弟弟，凡事都不能自作主张！’他就长叹说：｀我觉得太不自由了。’”文帝说：“这个儿子朕很早就觉得不能够继承皇位，皇后老劝朕废黜他，朕认为他是朕作平民时生的，又是长子，希望他能够逐渐改正错误，朕已克制忍耐到现在。杨勇曾经指着皇后的侍女对周围人说：‘都是我的’。这话说的是多么地奇怪。他的妻子元妃刚死时，朕很怀疑她是被毒死的，曾经责问过杨勇，他就怨恨地说：‘应当杀掉元孝矩。’这是想要害朕而迁怒他人。长宁王刚出生时，朕和皇后一起抱来抚养他，杨勇却心中另有想法，连连派人索要。况且云定兴的女儿，是云定兴在外面私合而生，想到她的出身来历，由何能说必定是他的子女呢？以前晋太子娶屠户的女儿，他的儿子就喜欢屠宰之事。如今他们不是咱们这一类人，会乱了宗祠。朕虽然德行不及尧舜，但终归不能把天下百姓交付给品行不端的儿子！朕总担忧他会谋害我，对他就象防备大敌一样，现在朕打算废掉他以安定天下。”
左卫大将军五原公元旻劝说文帝：“废立太子是大事，诏书若颁布实行，后悔就来不及。谗言说起来是无定准的，希望陛下再仔细调查这些事。”
文帝不听元旻的话，他命令姬威把太子的罪恶都讲出来。姬威回答：“太子向来对我讲话，意气极为骄横，还说：‘要是有劝我的人，就该杀掉他。杀百把人，自然就永远清静了。’太子又营建楼台宫殿，一年四季都不停止。先前苏孝慈被解除左卫率官职的时候，太子愤怒得胡子都翘起来，他挥着胳膊说：‘大丈夫终会有一天，不会忘记此事，一定要杀伐决断以求痛快！’另外，东宫内所索取的东西，尚书经常恪守制度不给，太子往往立即发怒，说：‘仆射以下的人，我可以杀一、两个，让你们知道怠慢我的灾祸。’太子常说：‘皇父厌恶我有许多姬妾，北齐后主高纬、陈后主陈叔宝是庶子吗？’太子曾令女巫占卜吉凶，他对我说：‘皇帝的忌期在开皇十八年，这个期限快到了。’”文帝流着泪说：“谁不是父母所生，他竟然这样！我近来翻阅《齐书》，看到高欢纵容他的儿子，就非常气忿。怎么能仿效这种人呢？”于是把杨勇和他的几个儿子都拘禁起来，并逮捕他的部分党羽。杨素舞文弄墨，巧言诋毁，罗织罪名以构成下狱之罪。
过了几天，有关部门的官员秉承杨素的意思，奏报文帝说元旻常常曲意迎逢杨勇，有阿谀结交之事。在仁寿宫，杨勇派他的亲信裴弘给元旻送信，信上写着“勿令人见”。文帝说：“朕在仁寿宫，无论什么细微之事东宫必定知道，比驿马传信还快，朕对此事感到奇怪已经很久了，难道不是这恶徒的缘故吗！”于是派武士从左卫仗将元旻抓起来。右卫大将军元胃当时不值班名单内，但他没有离开，对文帝说：“臣没有离开的原因是为防备元旻。”文帝把元旻和裴弘都投入监狱。
当初，杨勇看见枯老的槐树，问道：“这树能做什么用？”有人回答：“古槐尤其适于作柴来取火。”当时杨勇的卫士都带着火燧，杨勇命令工匠制做几千枚火燧，打算分赐给身边的人；现在，库中的火燧都被收缴。另外，药藏局贮存着好几斛的艾绒，杨素收缴上来，感到很奇怪，就问姬威，姬威说：“太子此意另有用处。皇帝在仁寿宫，太子经常饲养着一千匹马，说：‘要是直接守住城门，自然就会饿死。’”杨素以姬威的话来盘问杨勇，杨勇不服气，说：“我听说公家饲养的马有好几万匹，我作为太子，养一千匹马就是造反吗？”杨素又找出东宫的服饰玩器，凡是有雕刻缕画装饰的器物都陈列在宫庭里，展示给文武群臣，作为太子的罪证。文帝和独孤皇后屡次派人去责问杨勇，杨勇都不服气。
冬季，十月，乙丑（初九），文帝派人召来杨勇。杨勇见到使者，吃惊地说：“不是要杀我吧？”文帝身着戎装，陈列军队，来到武德殿。召集来的百官立在殿东面，皇室宗亲立在殿西面，引着杨勇和他的几个儿子排列在武德殿的庭院里，文帝命令内史侍郎薛道衡宣读诏书，将杨勇和他封王封公主的子女都废为庶人。杨勇再三跪伏在地，说：“我应该被斩首于闹市以为后人的借鉴，幸而得到陛下的哀怜，我才得以保全性命！”说完，眼泪流满衣襟，随即跪拜行礼后离去。文帝身边的人没有不怜悯沉默的。长宁王杨俨给文帝上表乞求允许他担当文帝的宿卫。奏表中的文辞非常哀婉凄切，文帝看后感到很难过。杨素向文帝进言：“希望圣上对这件事应象蝮蛇螫手一样，不应再留此意。”
己巳（十三日），文帝下诏书说：“元旻、唐令则和太子家令邹文腾、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦一并斩首处死，他们的妻妾子孙都没入官府。车骑将军榆林人阎毗、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼，特赦免死，各受杖刑一百，本人及其妻子儿女，家产田宅都没入官府。副将作大匠高龙叉、率更令晋文建、通直散骑侍郎元衡都被判罪令其自尽。”于是在广阳门外召集百官宣读诏书，将上述判死刑的人处死。把杨勇迁到内史省，给他五品官员的俸禄。赐给杨素财物三千段，赐给元胃、杨约财物共一千段，作为审讯杨勇的功劳的奖赏。
文林郎杨孝政上书给文帝进谏：“皇太子是被小人教坏，应该加强训诫教诲，不宜废黜。”文帝发怒，用鞭子抽打杨孝政的胸部。
当初云昭训的父亲云定兴出入东宫没有节制，他多次给杨勇进献奇异的服饰器物以求得杨勇的高兴和青眯；左庶子裴政屡次劝说，杨勇不听。裴政对云定兴说：“您的行为不符合法度。还有，元妃突然暴死，外面议论纷纷，这对于太子，不是好名声。您最好自行引退，否则将会遭到灾祸。”云定兴将此话告诉杨勇，杨勇越发疏远裴政，并因此把裴政调任为襄州总管。唐令则被杨勇所亲近，杨勇常常命令唐令则教东宫的宫人丝弦歌舞，右庶子刘行本责备唐令则说：“庶子应当辅佐太子走正路。为什么要用声色歌舞来取媚于太子呢？”唐令则感到很惭愧却改不了。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽都因为辞章修养而被杨勇所亲近。刘行本对这三个人对太子不能加以调教保护非常愤怒，他常对这三人讲：“你们只会读书！”夏侯福曾在房间里与杨勇开玩笑，夏侯福哈哈大笑，声音传到门外。刘行本听见，等夏侯福出来，责备他说：“太子殿下性情宽容，给你面子。你是什么小人物，敢做这样轻慢之事！”于是把夏侯福交执法人员治罪。过了几天，杨勇替夏侯福讲情，才将他释放。杨勇曾得到良马，他想命令刘行本骑上马让他观看，刘行本正色道：“皇上任命我为右庶子，是要我辅佐教导殿下，而不是作殿下的戏弄之臣。”杨勇听后感到惭愧，才作罢。到杨勇被废黜时，裴政、刘行本二人均已去世。文帝叹息道：“要是裴政、刘行本二人还在，杨勇不至于到这个地步。”
杨勇曾宴请东宫的臣僚，唐令则亲自弹奏琵琶，唱《媚娘》。洗马李纲起身对杨勇说：“唐令则身为宫卿，职责应是调教保护太子，他却在大庭广众之下自比娼妓优伶，进献靡靡之音，污浊视听。这种事要是皇上知道，唐令则的罪责就大了。这岂不是要连累殿下吗？臣请太子快将他治罪！”杨勇说：“我想要快乐快乐，你不要多管闲事。”于是李纲就赶快退出。等到杨勇被废黜，文帝召集东宫的臣僚严厉责备他们，大家都惶恐而无人敢于答话，只有李纲说：“太子的废立大事，如今文武大臣都知道这事不可更改了而不肯说话。我怎能因为怕死就不对陛下把对此事的不同看法讲清楚呢？太子的性格本来就是个常人的性格，可以使之变好，也可以使之变坏。从前要是陛下挑选正直的人辅佐太子，他足以继承皇统鸿业。如今却用唐令则为左庶子，邹文腾为家令，这两个人只知道用声色犬马娱悦太子，哪能不到这个地步啊！这是陛下的过失，并不是太子的罪过。”于是跪在地上呜咽流泪。文帝神色惨然，过了半天才说：“李纲责备我，不是没有道理。但是你只知其一，不知其二。我挑选你为东宫臣僚，但杨勇不亲近信任你，就是换上正直的人又有什么用处呢？”李纲回答：“我所以不为杨勇亲近信任，确实是有佞人在太子身边的缘故，陛下只要将唐令则、邹文腾斩首，更换贤能才学之士辅佐太子，怎么会知道我最后会被疏远抛弃呢？自古废立嫡长子，国家很少有不发生倾覆危险的。希望陛下好好考虑，不要后悔啊。”文帝不高兴。退朝后，文帝身边的人都替李纲心惊胆战。正好尚书右丞空缺，有关部门请求派人，文帝指着李纲说：“此人是很好的尚书右丞。”李纲马上就被任命。
太平公史万岁从大斤山回来。杨素嫉妒史万岁的功劳，对文帝说：“突厥人本来已经投降，开始并不是来侵犯，只是来塞上放牧牲畜。”这件事就放下了。史万岁几次上表陈述自己的功劳，文帝还是不醒悟。文帝废黜太子杨勇，正追究太子的党羽。文帝问史万岁在哪里，当时史万岁实际就在朝堂之上，杨素却说：“史万岁拜谒东宫去了！”以此来激怒文帝。文帝听信这话，命令将史万岁召来，当时史万岁部下的将士在朝堂声称冤屈的有好几百人，史万岁对他们说：“我今天为你们对皇帝把事情完全讲清楚，问题就会解决的。”他见到文帝说：“将士有功却被朝廷压抑！”词措严厉，语气愤怒，文帝勃然大怒，命令身边的人把史万岁打死，随即就后悔了，但已经来不及。于是文帝颁诏陈述史万岁的罪状，天下的人都为史万岁感到冤枉可惜。
十一月，戊子（初三），文帝立晋王杨广为皇太子。国内地震，太子杨广请求免穿礼服，东宫的臣僚对太子不自称臣。十二月，戊午（初三），文帝下诏采纳杨广的建议。杨广任命宇文述为左卫率。当初杨广策划夺取继承权时，洪州总管郭衍参与这个阴谋，因此就把郭衍召来任命他为左监门率。
文帝把前太子杨勇囚禁在东宫，交给太子杨广管束。杨勇认为自己没有犯下该被废黜的罪过，多次请求见文帝申明冤情，但杨广阻拦他，不让文帝知道。于是杨勇就爬到树上大声喊叫，声音传到文帝的住所，他希望能得到文帝的接见。杨素就说杨勇情志昏乱，有疯鬼附身，无法复原。文帝听了很相信，杨勇最终还是没有见到文帝。
当初文帝平灭陈国时，天下人都以为将要太平。监察御史房彦谦私下对他亲近的人说：“皇帝性情猜忌严厉而又苛刻残忍，太子性情谦恭软弱，几个王据有大权，天下虽然安定，又要忧虑危亡动乱之事。”他的儿子房玄龄也暗地对房彦谦说：“皇帝本来没什么功劳德行，以奸诈计谋取得天下，他的几个儿子都骄横奢侈不行仁义，必定会自相残杀。现在虽然太平，但杨家天下的覆亡很快就会到来。”房彦谦是房法寿的玄孙。
房玄龄和杜杲哥哥的孙子杜如晦都被吏部预选为候补官员。吏部侍郎高孝基有知人的名声。他见到房玄龄，叹息道：“我见的人也很多了，还没有见过这样的年轻人，以后必成大器，只可惜我不能见到他成大材了。”他见到杜如晦说：“您有随机应变的才能，一定会被委以栋梁重任的。”高孝基把子孙都托付给他们。
文帝晚年笃信佛、道、鬼神。辛巳（二十六日），开始颁诏“有毁坏佛以及天尊、山岳、镇、海，渎神像的人，以不道罪惩处；僧尼毁坏佛像，道士毁坏天尊像的，以恶逆罪论处。”
这一年，文帝征召同州刺史蔡王杨智积入朝。杨智积是文帝的侄子，他性情和善谨慎，门下没有私自进见的人；他自奉俭朴，文帝很怜爱他。杨智积有五个儿子，只教他们读《论语》。他不让儿子们与宾客结交往来。有人问其原因，杨智积说：“你不理解我！”杨智积的用意是怕他的儿子有才能而招来灾祸。
齐州行参军章武人王伽，押送判流刑的犯人李参等七十余人到京师，走到荥阳，王伽可怜犯人们辛苦，把他们都叫来说：“你们这些人犯了国法，身受枷锁之苦，固然是你们应得的惩处，但是使押送你们的人辛苦，你们心里不惭愧吗？”李参等人都谢罪。于是王伽把他们身上的枷锁都解下，遣散押送犯人的兵卒，与李参等人约好：“某日应当到达京师，如果不能如期到达，我只好代你们受死。”说完就离开犯人们走了。犯人们感动欣悦，如期到达京师，没有一个人背约逃走。文帝听到此事感到惊奇，就召见王伽谈话，不断地称赞他。于是犯人们都被召见，并命令他们带着妻子儿女一起进宫，在殿堂赐宴并赦免他们。文帝因此下诏说：“凡世上之人，都有灵悟的禀性，都懂得善恶，明晓是非。如果以至诚之心关怀他们，明加劝导，那么恶俗必定改变，人都会变得善良。以前因为海内动乱流离，德教废驰湮没，官吏没有慈爱之心，百姓存有奸诈之意。朕想遵循先圣的办法，用德来感化子民。王伽非常理解朕的用意，诚心诚意地加以宣传教化；李参等人感化醒悟，自己赴往司法机关。这说明四海之内的百姓并不难以教化。要是让官吏都成为王伽一类的人物。庶民都向李参等人学习，不用刑律的日子就不会远了！”于是提拔王伽为雍县令。
太史令袁充上表称：“隋朝兴起之后，白昼渐渐变长，开皇元年冬至那天的影长是一丈二尺七寸二分。从那以后渐渐缩短。到开皇十七年，比过去短了三寸七分。太阳离北极近则日影就短，白昼就长；离北极远则日影就长，白昼就短。太阳在黄道之北运行时就离北极星近，在黄道之南运行时就离北极星远。据纬书《春秋元命包》记载：‘明在黄道之北运行，季节则正常。’《京房别对》记载：‘太平之时，太阳在黄道之北运行；盛世之时，在黄道运行；乱世之时，在黄道之南运行。’因为大隋启动天运，感应上天，所以日影缩短，白昼变长，这是自古少有的。”文帝上朝对百官说：“影短日长的福庆是上天的护。现在刚立太子，应当改年号，最好取日长之意作为年号。”此后工匠们服役，都增加工作量，是因为白昼延长的缘故。壮丁工匠们都苦于白昼延长。
突厥的步迦可汗率兵侵犯边塞，在恒安击败代州总管韩弘。乙丑（十三日），文帝颁诏，认为天下学校的学生多而不精，经过选拔，只留国子监的学生七十人，太学、四门及各州、县的学校一并停办。殿内将军河间人刘炫呈上奏表恳切劝说，文帝不听。秋季，七月，改国子学为太学。
当初，文帝受北周的禅让，他怕民心不服，因此就用很多符瑞现象来表明自己受禅是符合天意的。伪造符瑞进献的人多得数不过来。冬季，十一月，己丑（初九），到京师南郊举行祭天典礼，所上版文详细叙述符瑞现象出现的前后情况以报谢上天。
山中的獠人造反，任命卫尉少卿洛阳人卫文为资州刺史，去镇压剿抚獠人。卫文名玄，通常以字来称呼他。卫文刚到任，獠人正在进攻大牢镇，卫文一个人骑马来到獠人的营帐，说“我是刺史，奉天子诏命，安抚保护你们，不要惊慌恐惧。”獠人们都不敢动了。于是卫文向獠人陈说利害，獠人的首领被感化，撤兵离去。前后归附朝廷的獠人有十余万人。文帝非常高兴，赏赐卫文细绢两千匹。壬辰（十二日），任命卫文为遂州总管。
潮州、成州等五个州的獠人造反，高州的酋长冯盎驰马到京师，请出兵去讨伐獠人。文帝命令杨素和冯盎讨论獠人的情况。杨素感叹道：“没想到蛮夷中意有这样的人！”随即派冯盎率领江南、岭南等地的官军去进攻獠人。叛乱平息后，任命冯盎为汉阳太守。
文帝下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，带领启民可汗向北进攻步迦可汗。
突厥思力俟斤可汗等率众向南渡河掠走启民可汗部落的男女六千人，各种牲畜二十余万头。杨素统帅各路军队追击思力俟斤，转战六十余里，大破思力俟斤。突厥人向北逃走，杨素又继续追击，在夜里追上突厥人。杨素恐怕突厥人逃跑，命令骑兵稍稍后退，亲自带领两名骑兵和两名投降的突厥人与突厥军队一起行进，突厥军没有察觉。杨素趁突厥人没有安置停当的时候，催促后面的隋军骑兵追击掩杀，大破突厥军队，将俘获的人、畜都给了启民可汗。自此，突厥人远远地逃走，沙漠以南的地方不再有侵犯掠夺之事。杨素因为有功，文帝封他儿子杨玄感为柱国，赐给杨素另一个儿子杨玄纵淮南公的爵位。
兵部尚书柳述是柳庆的孙子。他娶了兰陵公主。柳述依仗着文帝的宠信，飞扬跋扈，连杨素之辈都趋附他。文帝对符玺直长万年人韦云起说：“在外面有不便直说的事，在这里可以说。”柳述当时正侍立在文帝身旁。韦云起奏文帝：“柳述为人骄傲强横，他没有经过什么大事，兵权机要的重任不是他所能担当得起来的。只是因为他是主上的女婿，才身居要职。我恐怕有人议论陛下‘官不选择贤能之人，专选自己所宠信的人’，这也是不利朝政的事。”文帝认为韦云起的话很对，回头对柳述说：“云起的话是你的治病良药。你可以把他看作老师和朋友。”秋季，七月，丙戌（初十），文帝下诏让朝廷内外的官员各自举荐自己了解的人。柳述就举荐韦云起，文帝任命他为通事舍人。
益州总管蜀王杨秀，容貌奇特雄伟，有胆量气魄，喜好武艺。文帝常对独孤皇后说：“杨秀肯定会不得好死，朕活着他还不会出什么问题，要是他兄弟当政，他一定会造反。”大将军刘哙去讨伐西的时候，文帝命令上开府仪同三司杨武通率兵随后出发。杨秀任命一个受他宠信的叫万智光的人作杨武通的行军司马。文帝认为杨秀任命的人不称职，就责备他，并对群臣说：“破坏朕的法度的是我的子孙。就好比猛虎，别的动物不能伤害它，它反而被毛间虫损害、蚕食一样。”于是削减杨秀统领的辖区。
自从长史元岩死后，杨秀渐渐变得奢侈僭越，他制做浑天仪，又多抓山中的獠人充作宦官，他的车马被服都以皇帝的标准制做。
太子杨勇因谗言被废黜后，晋王杨广被立为太子，杨秀为此忿忿不平。太子杨广怕杨秀终归是个祸患，就暗地命令杨素搜罗杨秀的罪状以诬陷诋毁他。于是文帝就征召杨秀进京，杨秀犹豫，想以病为由推辞不动身。总管司马源师劝他，杨秀变了脸色说：“这是我家的事，跟你有什么相干！”源师流着泪说：“我被任命为大王府中的幕僚，怎敢不尽心竭力？皇上有敕命追究您，已经有很长时间了。如今您仍然拖延不去，庶民百姓不了解您的心意，如果产生非议，朝廷内外猜疑骇惧，圣上颁下震怒的诏书，派来一名使者，您又怎么自我申辩呢？希望您仔细考虑这件事！”朝廷怕杨秀生变，戊子（十二日），任命原州总管独孤楷为益州总管，驿马驰至益州来替代杨秀。独孤楷到达益州，杨秀还是不肯动身。独孤楷劝说开导他许久，杨秀才上路。独孤楷觉察到杨秀有反悔之意，就率领军队作了准备。杨秀上路才四十余里，打算返回袭击独孤楷，他派人探知独孤楷已有准备才作罢。
八月，甲子（十九日），皇后独孤氏去世。太子杨广当着文帝和宫人的面悲痛欲绝，好象是不胜哀痛，而在自己府内饮食谈笑如同平常。另外，杨广每天早上命令进米二溢，私下却命令取来肥肉、干肉、酿鱼肉，装在竹筒里以蜡封口，用衣帕包起来偷偷运入府内。
著作郎王劭上书文帝说：“佛祖说：“‘人应运生在天上和生在无量寿国的时候，天佛会大放光明，以香花妓乐来迎接。’大行皇后的福善征兆，在诸秘记中都有记载，都说皇后是妙善菩萨。臣考察到八月二十二日，仁寿宫内再降下金银花；二十三日，大宝殿后夜里出现神光；二十四日卯时，永安宫北面出现自然种种音乐，声振虚空，到夜里五更时，皇后沉寂得如睡着一样，随即死去，这些与经文上所讲的，事事都应验。”文帝看后又悲又喜。
文帝命令上仪同三司萧吉为独孤皇后选择葬地。萧吉选到一块吉地，说：“占卜年可以延续杨家基业二千年，占卜世可以延续皇统二百世。”文帝说：“吉凶之事在于人不在于地。北齐后主高纬埋葬他的父亲难道就没有占卜吗？但是北齐很快就亡国。正如朕家的墓地，如果说不吉，朕就不应作天子，如果说不凶，朕的弟弟就不应战死。”但最后文帝还是听从萧吉的建议。萧吉退朝后告诉族人萧平仲说：“皇太子杨广派宇文左率向我深表谢意说：‘您从前说我会当太子，竟然得到了验证。我终归是不能忘记您的。现在您占卜陵地，务必让我早些继承皇位，我作了皇帝后，一定以富贵来报答你。’我对他说：‘四年之后，太子应会君临天下。’其实要是太子得掌朝政，隋朝就要灭亡了！我先前哄骗人说：‘占卜可以延续二千年’，是三十年的意思；‘占卜可以延续二百世’是只传二世的意思。你记住这事。”
壬寅（二十八日），将独孤皇后埋葬在太陵。文帝下诏说：“杨素经手办理葬事，不辞劳苦地寻找吉地，就杨素的心意而言，对君父之事极为虔诚至孝，怎么能与平灭夷狄寇贼相提并论呢？应该另封他的一个儿子为义康公，食邑一万户。”并赐给杨素田地三十顷，绢一万段，米一万石，相应的金珠绫绵等等。
蜀王杨秀到了长安，文帝见到他，不和他说话。第二天，派一个使者严厉责备他。杨秀谢罪，太子杨广和其他的几个王都流泪谢罪，文帝说：“原先秦王杨俊浪费财物，朕曾用父道来训斥他；现在杨秀残害百姓，朕应该用为君之道来制裁他。”于是就把杨秀交付执法官员。开府仪同三司庆整劝文帝说：“庶人杨勇已被废黜，秦王已经死了，陛下的儿子现在不多了，何必这样？蜀王杨秀性格耿直独特，如今被重责，恐怕他难以保全。”文帝勃然大怒，要割掉庆整的舌头。接着他对群臣说：“应该把杨秀在闹市斩首向百姓谢罪。”于是就命令杨素等人对杨秀追究治罪。
太子杨广暗中制做了偶人，捆住偶人的手脚，用针钉住偶人的心，将偶人上了枷锁，并写上文帝及汉王杨谅的姓名，还写上“请西岳慈父圣母收去杨坚、杨谅的神魂，就保持这样的形状，不要使它散开流失。”秘密将偶人埋在华山下，杨素发掘出偶人，又控告杨秀说他胆大妄为记述图谶，称京师有妖异现象，制造蜀地的祥瑞现象；并做好了檄文，说“指日就可以问罪”。将这些材料都收到杨秀的文集里，这些情况都奏报文帝。文帝说：“天下哪有这样的人！”十二月，癸巳（二十日），将杨秀废为庶人，幽禁在内侍省，不许他与妻子儿女见面，只派两名獠人奴仆供他使用。牵连获罪的人有百余名。杨秀上表文帝悲伤地谢罪：“希望圣上慈爱恩准，能够对我同情怜悯，在我残息未尽之时，希望能和我儿子杨瓜子相见。请赐给我一墓穴，让我的骸骨有个归所。”杨瓜子是杨秀的爱子。文帝就下诏列举杨秀的十条罪状，并说：“朕不知道杨坚、杨谅是你的什么亲人。”但后来仍允许杨秀和他儿子在一起。
当初，杨素曾经因犯小过被敕命送到御史台，文帝命令治书侍御史柳彧将杨素治罪。杨素依恃地位显贵，坐在柳彧的坐榻上。柳彧从外面进来，在台阶下端举笏板，神色庄重地对杨素说：“我奉皇帝命令要治您的罪！”杨素急忙退下来。柳彧手扶桌案而坐，让杨素站在庭堂上，辨别查问杨素的过失。杨素因此对柳怀恨在心。蜀王杨秀曾经向柳彧要李文博撰写的《治道集》，柳彧给了杨秀；杨秀送给柳彧十名奴婢。到杨秀获罪，杨素便奏报文帝说柳彧作为内臣与诸侯结交往来，因此将柳彧除名为民，发配到怀远镇去戍边。
文帝派司农卿赵仲卿到益州彻底追查杨秀的事情，杨秀宾客曾经到过的地方，赵仲卿必定苛刻地以法律条文追究并严厉治罪，那些州县长吏大半都受牵连而被定罪。文帝认为赵仲卿能干，赏赐他很丰厚的财物。
很久以后，贝州刺史裴肃派使者给文帝上书说：“高颎有天生的突出才能，又是开国元勋，佐命为大臣，受到人们的妒忌以至于被废黜不用。希望陛下记着高颎的大功，忘掉他的小过。再有，杨勇、杨秀两个庶人获罪已经很久了，难道他们没有洗心革面的心意吗？希望陛下弘杨君父的慈爱，顾念父子天性之道，每人封个小国，观察其所做所为：如果能变好，就逐渐地改变其地位；如果仍然不悔改，贬位削爵也不晚。现在他们改过自新的路永远断绝，惭愧悔恨的心思不为人们所了解。这不是很悲哀吗？”奏表呈上去后，文帝对杨素说：“裴肃忧虑我的家事，这也是诚心诚意啊。”于是召裴肃来京师。太子杨广听说此事，对左庶子张衡说：“让杨勇悔过自新，这要干什么？”张衡说：“我看裴肃的意思，是要让他象周代吴国的太伯、汉代的东海王一样。”裴肃到达京师，文帝当面告诉他杨勇有疯鬼附身无法复原的情况，自新之事只能作罢，让裴肃走了。裴肃是裴侠的儿子。
杨素的弟弟杨约和叔父杨文思、杨文纪、同族的叔父杨忌都官居尚书、列卿，他们的儿子没有什么汗马功劳，却位居柱国、刺史；杨家广营资产，从京师到各地的都会，客店、磨坊、丰腴的田产和房宅不计其数，家中的奴仆有几千人，府内穿着华丽罗绮的歌妓姬妾有千人；宅第豪华奢侈，规制模仿皇宫禁城，亲戚朋友旧部下都官列显要之职。杨素已经废黜一个太子和一个王，权势更加显赫。朝臣忤逆他们的，有人就被处死甚至夷灭全家；附会他们的人和他们的亲朋故旧，即使没有才能，也必定加官进爵。朝廷内外的人都屈服于杨家的势力，无人不畏附杨素。敢于与杨素对抗而不屈从的人，只有柳彧和尚书右丞李纲、大理卿梁毗而已。
当初，梁毗被任命为西宁州刺史，共十一年。西宁州的蛮夷酋长都以金子多的人为豪强，他们互相攻击掠夺，简直没有宁静的年月。梁毗对此感到忧虑。后来因为各酋长竞相送梁毗金子，梁毗把金子放在坐椅旁，对着金子痛哭道：“金子这东西饥不能食，寒不能衣，你们为了它相互残害，争战之事多得数不过来。现在你们送金子来，是要杀我啊！”他一点都没有接受。于是那些蛮夷人都受感动而醒悟，不再互相攻掠。文帝听到后很高兴，任命梁毗为大理卿。梁毗执掌司法公平允正。
梁毗看到杨素专擅权柄，恐怕他成为国家的祸患，就给文帝上了一封密表说：“我听说臣子没有一个不是因为作威作福而危害其家并祸患于国的，我看到左仆射越国公杨素越来越得到主上的宠信，他权势日见显赫，朝中官宦都是他的耳目。忤逆他的人便遭到似严冬的霜冻在酷夏降下似的打击，阿谀奉承他的人受到的照顾有如冬天降适时的雨露，每个人的荣辱都在于杨素的口唇，升迁贬谪都得听从他的指派；他所偏爱的人都不是忠心为国的人，他所推荐提拔的人都是他的亲戚；他的子弟势力遍布各州县。天下没有什么事，还可以容忍他有私图，要是国家有什么忧患，杨素一定是祸端。奸臣专擅权力这是由来已久的。王莽经营积累多年，桓玄在皇位变动时打下基础；终于王莽灭掉西汉王朝，桓玄倾覆东晋皇位。陛下要是任命杨素为执掌朝政的大臣，我恐怕他的心未必能象殷商的伊尹一样。希望陛下能考察借鉴古今之事，酌情处置。如果大隋的基业能够永远巩固，天下百姓就很幸运了！”奏表送上去，文帝看后勃然大怒，把梁毗投入监狱，亲自审问他。梁毗恳切地说：“杨素依恃陛下的信任，任意使用权力，率领群下时，对人无缘无故地杀害。还有，太子杨勇、蜀王杨秀获罪被废黜的时候，朝中的文武百官无不震惊惶竦，只有杨素眉飞色舞，手舞足蹈，喜形于色，他视国家有难而以为自己的幸事。”文帝无法使梁毗屈服，就释放他。
此后，文帝也暗中疏远防忌杨素，他颁诏说：“仆射是国家的宰辅，不可事必躬亲，只要三、五天到省里去一次，评论审视一下大事即可。”表面上表示优待推崇杨素，实际上是夺下杨素的权力。自此直到仁寿末年，杨素不再完全经办省里的事务。文帝把杨约调任为伊州刺史。
杨素既然被疏远，吏部尚书柳述的权力越来越大，并兼理兵部尚书，参预掌握军国机密。杨素因此就憎恶柳述。
太子杨广问贺若弼：“杨素、韩擒虎、史万岁都称得上是良将，他们各自的优缺点如何？”贺若弼说：“杨素是猛将，不是善谋略的将领；韩擒虎是斗将，不是统帅全军的将领；史万岁是骑将，不是大将。”太子杨广问：“那么谁是大将呢？”贺若弼跪拜道：“只有殿下挑选的才是大将。”他的意思是说自己是大将。
交州的俚人首领李佛子率众造反，占据骆越王的故城，他派侄子李大权占据龙编城，他下属的另一个首领李普鼎占据乌延城。杨素推荐瓜州刺史长安人刘方，认为他有将帅的谋略，文帝下诏任命刘方为交州道行军总管，率领二十七营军队进发。刘方军令严明整肃，有违犯军令的人必被斩首；但是他对士兵仁慈爱护，士兵患病他亲自抚慰调养，士兵们也因此心里感念刘方。刘方军队到达都隆岭，遇到反叛的俚人，刘方率军将俚人击败。进军到李佛子的营地时，刘方先向李佛子陈述利害。李佛子恐惧，请求投降。刘方将李佛子送到长安。
秋季，八月，壬申（初三），文帝将幽州总管燕荣赐死。燕荣性情严酷，鞭笞身边的人往往到上千下。他曾经看到路旁长的一丛丛荆条，认为可以作杖，命人取来，立即就以人来试。有人说自己无罪，燕荣就说：“以后你有罪再免掉你受杖刑。”不久这人有了过失，燕荣又要鞭打他，被打的人说：“上次被打，您答应以后有罪就宽恕我。”燕荣说：“无罪尚且要打，何况有罪呢！”燕荣鞭打人却神情自若。
观州长史元弘嗣调为幽州长史，他怕受到燕荣的侮辱，坚决推辞。文帝就命令燕荣说：“元弘嗣凡犯打十杖以上的罪过，都必须上报给我。”燕荣气忿地说：“这小子怎敢耍弄我！”于是他派元弘嗣监管收储粮食，风吹走一糠一秕，都要责罚元弘嗣。每次鞭打数虽不满十，但一天有时要打好几次。这样过了几年，燕荣与元弘嗣的矛盾日益加深，燕荣就把元弘嗣投入监狱，断绝元弘嗣的食粮，元弘嗣抽棉絮加上水咽下去。元弘嗣的妻子到皇宫门口喊冤，文帝派人调查，使者回报燕荣为政暴虐，贪赃枉法，声名狼藉。文帝将燕荣召回，命他自尽。元弘嗣代替燕荣执政，他比燕荣还要酷虐。
这年，龙门人王通到皇宫门前献上《太平十二策》，文帝未予采用，王通作罢返回。他就在河、汾一带教书，他的学生从远方来的人很多。朝廷多次征召他都不出来。杨素很器重王通，劝他作官，王通说：“我有祖先留下的破草房足以遮挡风雨，薄田足以使我喝上粥，读书论道足以自娱。希望明公端正自己的言行来治理天下，四时和谐，年年丰收，我也就受到许多恩赐了。我不愿意作官。”有人对杨素说王通的坏话：“他实在太怠慢您了，您为什么要尊敬他呢？”杨素以此来问王通，王通说：“如果您可以被怠慢，那我就做对了；如果您不可以被怠慢，那我就做错了。得失都在我自己，您何必参与进来呢？”杨素对待他还象当初一样地尊重。王通的弟子贾琼问王通如何平息诽谤，王通说：“不去争辩。”贾琼问如何制止往怨恨，王通说：“不去争论。”王通曾声称：“没有罪过可赦免的国家，其刑法必定公允；横征暴敛的国家，其财力必定削弱。”又说：“听到诽谤就发怒的人容易中了进谗言者的圈套，听到称赞就高兴的人容易为阿谀奉承的人所利用。如果去掉这些毛病，谗言奸佞就会远离而去。”大业末年，王通在家去世，他的弟子追赠他为“文中子。”
突厥步迦可汗的部下大乱。铁勒、仆骨等十余个部族都背叛步迦，归降启民可汗。步迦可汗的部众溃散，向西逃到吐谷浑，长孙晟将启民可汗安置在碛口，于是启民可汗统辖步迦可汗的所有部众。
文帝要去仁寿宫避暑，术士章仇太翼竭力劝说，文帝不听。章仇太翼说：“这次出行恐怕主上回不来了！”文帝勃然大怒，将章仇太翼投入长安的监狱，准备回来杀掉他。甲子（二十七日），文帝驾临仁寿宫。乙丑（二十八日），文帝下诏凡赏赐、财政支出，事无巨细一并交付皇太子杨广处理。夏季，四月，乙卯，文帝感到身体不适。六月庚申（疑误），大赦天下。秋季，七月，甲辰（初十），文帝病重，他躺在床上和文武百官诀别，并握住大臣们的手欷不止。文帝命太子杨广赦免章仇太翼。丁未（十三日），文帝在大宝殿驾崩。
隋文帝性格谨严持重，办事令行禁止，每日清晨听理朝政，到日偏西时还不知疲倦。虽然吝啬钱财，但赏赐有功之臣则不吝惜；将士战死，文帝必定从优抚恤，并派使者慰问死者家属。他爱护百姓，劝课农桑，轻徭薄赋。自己生活务求节俭朴素，所乘车驾及所用之物，旧了坏了都随时修理使用；如果不是享宴，吃饭不过一个肉菜；后宫都身着洗旧的衣服。天下人都为文帝的行为所感化。开皇、仁寿年间，男子都身穿绢布衣服，不穿绫绮；衣带饰品用的不过是铜铁骨角所制，没有金玉的装饰。因此国家的财富日益增长，仓库丰盈。文帝受禅之初，隋朝的民户不满四百万户；到隋文帝仁寿末年，超过八百九十万户，仅冀州就已有一百万户。但是文帝好猜忌苛察，容易听信谗言，他的功臣故旧，没有能始终保全的；至于他的子弟辈，都象仇敌一样，这是他的短处。冬季，十月，己卯（十六日），文帝葬于太陵，庙号高祖，与独孤皇后同坟异穴。
当初，独孤皇后去世，宣华夫人陈氏、容华夫人蔡氏都受到文帝的宠爱。陈氏是陈宣帝的女儿，蔡氏是丹杨人。文帝患病住在仁寿宫，尚书左仆射杨素、兵部尚书柳述、黄门侍郎元岩都进入仁寿宫侍病。文帝召皇太子杨广入内居住在大宝殿。杨广考虑到如果文帝去世，必须预先作好防备措施，他亲手写一封信封好，派人送出来询问杨素。杨素把情况一条条写下来回复太子。宫人误把回信送到文帝的寝宫，文帝看后极为愤怒。天刚亮，陈夫人出去更衣，被太子杨广所逼迫。陈夫人拒绝他才得以脱身。她回到文帝的寝宫，文帝奇怪她神色不对，问什么原因，陈夫人流着泪说：“太子无礼！”文帝愤怒，捶着床说：“这个畜生！怎么可以将国家大事交付给他！独孤误了我！”于是他叫来柳述、元岩说：“召见我的儿子！”柳述等人要叫杨广来。文帝说：“是杨勇。”柳述、元岩出文帝的寝宫，起草敕书。杨素闻知此事，告诉太子杨广。杨广假传文帝的旨意将柳述、元岩逮捕，关进大理狱。他们迅速调来东宫的裨将兵士来宿卫仁寿宫，宫门禁止出入，并派宇文述、郭衍进入调度指挥；命令右庶子张衡进入文帝的寝宫侍侯文帝。后宫的人员全被赶到别的房间去。一会儿，文帝死了。因此朝廷内外有很多不同的说法。陈夫人与后宫们闻知发生变故，面面相觑，战栗失色。黄昏时，太子杨广派使者送来小金盒，盒边上贴封纸，杨广亲笔写上封字，赐给陈夫人。陈夫人看见小金盒，惊惶恐惧，以为是鸩毒，不敢打开。使者催促陈夫人，于是她打开小金盒，盒内有几枚同心结。宫人们都高兴了，互相说：“可以免死了！”陈夫人愤怒得想坐下，不肯致谢。宫人们一起逼迫陈夫人，她才拜谢使者接受了小金盒。当天夜里，太子杨广将陈夫人奸淫。
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