生物信息学中可能用到的几个awk操作命令

awk作为强大的文本分析工具其功能十分强大。

其语法结构为 ：awk “{pattern + action}” {filename}

for example：

1.输出任意一列数据

awk "{print $n}" filename

其中n表示域，分割域的默认符是空格或者Tab

2.可过滤数据，比如输出第n域大于80和第m域小于20的数据

awk “{if（$n>80&&$m<20） print$0}" filename

3.利用正则表达式数据输出符合要求的数据，即匹配输出

awk “$0 requirement{print $0}" filename 

4.输出固定行

awk ” requirement“ filename

5.合并文件

awk ”BEGIN{while((getline<"filename1")>0)1[$1]=$0}$1 in 1{print $0"\t"1[$1]}" filename2

6.fastq转换fasta

awk “{getline seq ; getline plus ; getline qual ; sub("@".">",$) ; print $0 "\n"seq}" filename

补充一个sed命令：

sed -n "xxx" filename(输出第几行)

sed -n ”xxx-yyy" filename(输出第xxx-yyy行)

就简单介绍这几个，其他的在使用的时候可以再自行搜索。